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收件人印第安纳大学的纪念奖雷竞技官方网站下载章,2020年
美国科学促进协会研究员,2018年
斯隆基金会研究员,2010 - 2012

研究

我们的工作广泛关注询问进化生物的功能和使用基因组数据。目前产生的大量数据使我们能够问和回答问题在基因组范围内,这在以前是从来没有的。我们的问题主要围绕自然选择和遗传漂变的相对作用在塑造核苷酸,基因家族,在和物种之间的基因表达变化。尽管大多数的实证工作系统,如人类,苍蝇和蚊子(现在番茄!),实验室的成员可以在主题和生物体对他们的吸引力。这个页面目前研究涵盖了几个主要的主题。

基因的进化得失

整个基因组的比较揭示了大量和频繁的基因家族的大小的变化,基因重复和损失的结果。比较基因组分析使我们能够识别大型模式的变化和推论关于自然选择的作用基因得失。使这些分析成为可能,我们已经开发出一种随机基因家族进化,出生和死亡模型应用软件包,咖啡馆。应用该方法的数据来自多个整个基因组的许多团体是揭示基因得失的非凡的模式。其他方法来研究这个问题涉及到染色体中基因的分析运动(尤其是性染色体),多态的发现人类基因组变异在当地选择,甚至进行基因组组装新方法更准确地估计基因数量。

人口基因组学

选择性、人口统计和随机过程在人群中确定等位基因的频率和物种之间的区别。群体遗传学的主要目标之一是发现这些过程是在自然种群通过结合实证研究和理论模型提供了在各种条件下的预期。虽然大多数的工作领域涉及到单个位点或有限多个轨迹研究和模型,genomic-scale数据的可用性将需要新的genomic-scale方法开始。我们一直在追求这些问题在各种各样的研究中,主要集中在人类和苍蝇(最好的数据一直是)。工作提出了新方法区分人口统计学和选择,区分不同形式的积极的选择,和最近,使用渐变群的变化来揭示当地适应。

物种形成基因组学

人口基因组数据被应用于新的和创造性的方式最近分化谱系。的一个目标物种基因组学的新领域是理解分歧的模式发现等研究相关生殖隔离机制。专注于散度在冈比亚疟蚊种类复杂,我们感兴趣的基因渗入和选择的角色塑造异构模式的差异。这项工作建立在我们的更一般的人口基因组学研究,但现在也包括新方法检测基因渗入并区分基因渗入的差异位点选择的差异位点。

转录调控的进化

时间的变化、水平和基因表达的位置已经涉及许多表型个体和物种之间的区别。利用DNA序列和基因表达数据,我们可以解决基因表达变化的起源和影响这种变化的进化力量。我们的工作通常集中在转录因子结合位点的演变及其含义的不同表达,尽管RNA-seq我们现在的崛起往往从观察差异表达。大部分的新工作使用野生番茄属茄属植物,进行遗传操作的能力意味着我们可以更深入地了解转录差异的原因。

研究领域

进化
基因组学和生物信息学