下载shortep.exe

原作者:j·c·霍夫曼
广泛的修改由w·e . Streib和j . c
基于代码从ORTEP(凯文约翰逊)

Shortep是一个通用的程序操纵晶体模型。它可以读取模型在SDT或CIF格式;执行距离和角度的计算、模型重排和原子重新编号和重新定义;和写模型SDT、CRT或CSSR格式。

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Shortep指令

• 100 -系列(结构分析)

  10 x s1 s2 t1 t2 d

  x = 1:原子间的距离
  列出所有原子之间的距离小于d s1和s2(包容)原子之间的t1和t2(包容)。

  x = 2:原子间的角度
  列表角度之间的所有原子年代左右s1和s2(包容)双原子之间的t1和t2和接近年代比距离d。

  x = 3:主轴的热运动
  列表的长度轴s1和s2之间的原子。t1 t2和d参数被忽略。

  s1和s2 t1默认为1,如果没有,和t2默认NATOMS(最后一个原子)和d默认值2.0。

  “距离”是一个101年的记忆,“角”是一个助记102年和103年“listrms”是一个助记符。

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• 200 -系列(输入清单)

  2 xy i1 i2

  对于任何x和y,单原子i1和i2从输入文件通过。如果i1缺失或小于1则默认为1。如果i2小于零,那么使用绝对值;如果i2缺失或零然后使用列表的最后。
  
  “列表”和“原子”都是200年的助记符。
  

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• 300 -系列(Shortep选项)

  300(或“offadc”)关掉ADC清单100 -系列指令。
  301(或“onadc”)打开ADC清单100 -系列指令。

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• 400 -系列(原子操纵列表)

  401 n1 n2…神经网络
  411 n1 n2…神经网络

  n1……神经网络are ADCs or atom numbers to add to (401) or remove from (411) the atoms list. Atom numbers are distinguished from ADCs by their magnitude; they are converted to ADCs by appending "55501" and then treated just as any other ADCs. If a positive ADC or is followed by a negative one then the pair designate a range of ADCs to add or remove. It is invalid to specify two consecutive negative atom numbers or ADCs.

  402显示输入列表统计数据
  
  404 s1 s2 t1 t2 d1 d2 d3
  414 s1 s2 t1 t2 d1 d2 d3

  从s1, s2每个原子,生成一个“盒外壳”集中在原子——一个平行六面体单元细胞平行脸和边缘长度2 * d1 * 2 * d2 * b和2 * d3 * c a, b和c的方向。这些原子从t1到t2躺在任何这些箱子被添加到原子(404)或列表
  删除(414)。
  
  例如,给定一个25原子模型和一个假原子数26。5。5。5,
  
  25 404 26日26日1。5。5。5
  
  会产生完整的单位细胞。

  405 s1 s2 t1 t2 d
  415 s1 s2 t1 t2 d

  为每个原子从s1, s2已经在原子列表中,任何原子的对称复制从t1到t2在d s的埃(405)添加或删除从列表(415)的原子。
  警告:源原子只是删除如果太接近另一个源原子原子列表中出现较早。

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  406 s1 s2 t1 t2 d

  这个指令是一样的指令405,除了完成后通过原始原子列表,它开始另一个原子通过新的列表。它仍在继续,直到没有新的原子被添加。这可以用于建立一个完整的分子。405年和406年之间的区别仅仅是相关的,如果源和目标范围重叠。

  416 s1 s2 t1 t2 d ',

  这个指令是一样的指令415,除了,如果删除一个对称复制目标原子然后删除所有原子对称的副本。与415年一样,一个源原子只是删除如果太接近另一个源原子原子列表中出现较早。注意,这个指令不是相反的近406。
  

  407 d

  建立一个原子列表,没有两个原子之间的距离要小于d埃(在任何对称组合)。原子1是自动添加的;此后,每个原子被认为是在序列,如果它满足标准对原子的距离已经在列表中。

  408年

  防止原子重复

  409年

  允许原子重复

  410年

  明确原子列表

  401年“Addatom”是一个助记,411年“删除”是一个助记符,“盒子”和404年“boxin”助记符,“扩大”是一个405年的记忆,“nodup”是一个408年的记忆,409年“dupok”是一个助记符,“清楚”是一个410年的记忆。

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• 500 -系列(重启)

  5 xy [n[我[j]]]

  构造一个新项,然后重启程序使用新的SDT作为输入。
  
  如果x是- - -
  0然后没有特殊行动
  1.0 1然后重置氢原子热参数
  2然后重置nonhydrogen atom 0.5热参数
  3然后重置nonhydrogen原子和氢热参数
  4然后resequence一些或所有的原子(见下文)
  
  如果x < 4 y是—
  0或1然后没有特殊行动
  > 1然后添加字母对称编码到原子标签
  
  护士:如果x < 4然后n.ne。0使原子排序前写作;否则n是最初的使用数量重新编号
  
  我:指数(在原子列表)的第一个原子重编号
  
  j:指数(在原子列表)的原子重编号
  
  新项由500 -系列指令存储在文件“shortep.t21”。文件覆盖每次新500 -系列指令执行。
  
  默认值:n = 0如果x < 4, n = 1否则,i = 1, j = latom(最后一个原子)
  
  “重启”是一个500年的记忆。

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• 600 -系列(对称卡操作)

  600年[n]

  添加(n = 0,默认情况下)或修改(n.ne.0)对称卡。如果非零,n是卡片的数量修改。这个指令的输入对称数据短形式,只有翻译和旋转的对角元素:tx, rxx,泰,ryy, tz, rzz

  601 (n1 (n2))

  通过n2显示对称卡n1。n1默认为1,n2默认为对称卡的数量。

  609年[n]

  至于600年,添加或修改一个对称的名片。这个版本读取完整的对称卡格式。

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• 700 -系列(热参数操作)

  704 (n1 (n2))

  将指定的原子的各向异性热参数的等效各向同性热参数。n2默认为n1如果n1是正的,或列表的最后如果n1缺失或负的。
  重要:n1和n2参考输入列表,而不是原子。这种变化不能逆转不重读的输入文件。

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• 900年(帮助)

  900年[n]

  请求帮助。如果n是缺失或负的索引显示,否则系统试图提供帮助指导或帮助选项n。
  
  “帮助”是一个900年的记忆。

  901(原子重贴标签)

  901 (i1 (i2))

  如果i1和i2缺失存在但i2 i1违约。如果i1丢失它默认为1和i2默认输入原子的数量。则提示用户一个新的化学符号;一个空白的响应取消重新编号。如果一个化学符号然后则提示用户输入一个新的主要散射系数;如果响应是空白则原子散射因子不会被修改。一旦用户回应,程序改变了化学符号和(如果选择)的主要散射因子数量的原子通过i2 i1。
  
  重要:更改应用到901年指令只能重读逆转的输入文件。

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• 1000 -系列(分析和构建)

  1000年

  1050年[n]

  执行输入经验公式的比较两个隐含的公式电流模型,并在控制台上显示结果。构建教学增加了原子数n的列表,然后迭代405指令*直到不再nonhydrogen原子,然后执行一个405添加氢原子。
  
  如果未指定n默认为1。
  
  “分析”是一个助记1000年和1050年的“构建”是一个助记符。
  
  *这个例程使用一个特殊的内部版本405将原子
  半径。

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• 1200 -系列(模型输出)

  12 xy [n[我[j]]]

  1200 -系列指令包含所有相同的子代码和期权500 -系列的指示,只在他们编写模型输出不同的执着,指定的外部文件。此外,1250指令写当前原子的内容到指定的CRT-format文件列表,和1260年的指令写的全部内容输入SDT CSSR-format文件“sdt.cssr”。
  
  “Newsdt”是同义词1201;“newsdtx”是同义词1202;“购物车”,
  是一个1250年的同义词;1260年和“cssr”是同义词。

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• 起源

  SHORTEP包含部分支持“原子0”与原点。可以添加,例如,“55501”原子列表,这将被贴上“起源”在任何输出项。全力支持这个功能并不确定,但它已经从“非法行为”加强“部分支持。”
  
  

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