雷竞技官方网站下载印第安纳大学分子结构中心
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罗杰·塞尔
葛兰素的研究和发展
斯蒂夫尼奇,赫特福德郡,英国
最新修订日期
你不读这篇文章参考手册http://www.umass.edu/microbio/rasmol/distrib/rasman.htm,所以您可能希望检查以防修改或添加了自复制您正在阅读。检查最新修订的日期(http://www.umass.edu/microbio/rasmol/distrib/rasman.htm revhist)。其他形式的参考手册和其他来源的信息和帮助RasMol是可用的http://www.umass.edu/microbio/rasmol/getras.htm rasmanual。
RasMol几个版本操作系统,安装说明,和广泛的可用的补充资源RasMol主页。包括常见问题(FAQ),如何使用RasMol教程,一些文件如何创建“电影”脚本,罗杰·塞尔RasMol是如何的个人账户。
使用找到机制的web浏览器搜索感兴趣的话题。这是可能的因为这个版本的参考手册单一的html文件(而不是为每一章被分解成一个单独的文件,因为有一些版本的参考手册,你会发现在网络上)。的缺点是,它可能需要一些时间加载整个参考手册(140 kb)到你的浏览器。如果你点击一个主题似乎是缺失的,就等到整个文档加载(“文档:完成”消息网景的底部)。 如果你经常会提及参考手册,建议您使用web浏览器的文件,保存做一个参考手册的副本在你的本地磁盘。然后,您可以使用您的浏览器的本地模式(文件,打开)查看这个文件,它将加载更快。只要你在电脑上安装了浏览器,它不需要一个网络连接查看本地文件。 |
罗杰·塞尔RasMol的创造者,维护这个参考手册通过RasMol 2.5版。1996年7月,这个副本RasMol参考手册部分更新从版本2.5到版本2.6 beta 2化学系的玛格丽特Wong博士,斯文本科技大学、澳大利亚(marg@chem1.chem.swin.edu.au)。进一步更新、修订和维护由Eric Martz (emartz@microbio.umass.edu),他会很高兴收到额外的改进建议。完整的修订历史下面详细的参考手册。 Bug修复和其他一些细节不包括释放文件会被发现的26 beta1.txt和26 beta2.txt。按时间顺序的账户RasMol及其发展的调试将会发现在原始的更新日志文件伴随源代码。RasMol的ftp站点的原始分布爱丁堡大学。
塞尔有一个设计良好的系统主参考手册的副本转换成各种格式,包括HTML版本,postscript,文件在RasMol本身提供了内置的帮助。不幸的是,玛格丽特·黄和我知道这个系统之前,我们直接更改这个HTML版本。任何严肃的计划提高RasMol的文档应该考虑从罗杰获得文档管理软件(也请告知我!)
表的内容
版权(c) 1992 - 1995罗杰·塞尔
本文档中提供的信息被认为是正确的,但没有责任承担因其使用或他人的权利的侵权行为造成其使用。本文档中的信息可随时更改,不另行通知,并不代表承诺的供应商。此产品不用于规划、建设、维护、操作或使用任何核设施和飞行,导航或通信的飞机或地面支持设备。作者概不负责,在全部或部分,使用等引起的任何索赔或损失,包括死亡、bancruptcy或爆发战争。
介绍
RasMol目的是一个分子图形程序的可视化蛋白质,核酸和小分子。项目旨在显示,教学和代出版质量的图像。RasMol广泛的架构和操作系统上运行包括SGI sun4, sun3, sun386i, 12月,惠普和学位工作站、DEC Alpha (OSF / 1,打开虚拟机和Windows NT), IBM RS / 6000年,克雷,后继,VAX vm(12月Windows下),IBM个人电脑(在Microsoft Windows, Windows NT, OS / 2, Linux, BSD386和* BSD),苹果Macintosh和PowerMac。UNIX和虚拟机版本需要一个8位、24位或32位X Windows帧缓冲(X11R4或更高版本)。RasMol提供的X Windows版本可选支持硬件刻度盘盒和加速共享内存通信(通过XInput和麻省理工学院- SHM扩展)如果当前的X服务器上可用。
分子协调程序读取文件和交互式显示屏幕上的分子在各种表征和配色方案。支持输入文件格式包括布鲁克海文蛋白质数据库(PDB),考试Associates的炼金术和Sybyl Mol2格式,分子设计的(MDL)摩尔文件格式有限,明尼苏达州的超级计算机中心的(MSC) XYZ (XMol)格式和CHARMm格式文件。如果连接信息是不包含在文件自动计算。加载分子可以显示为线框债券,汽缸Dreiding坚持债券,α碳跟踪,空间(肌酸磷酸激酶)领域,高分子丝带(光滑阴影固体丝带或并行链),氢键和点面表示。分子的不同部位可能代表和彩色独立于其他分子或显示在几个同时表示。显示分子可以旋转、翻译,缩放和z-clipped(平板)交互地使用鼠标,滚动条,命令行或附加刻度盘盒。RasMol可以阅读一份事先准备好的“脚本”文件的命令列表(或通过进程间通信)允许给定的图像或观点迅速恢复。RasMol还可以创建一个脚本文件,其中包含所需的命令生成当前图像。最后,渲染后的图像可能是写在各种格式包括栅格或矢量PostScript, GIF, PPM, BMP,皮克特人,太阳rasterfile或MolScript输入脚本或Kinemage。
RasMol了爱丁堡大学的生物运算研究单位和生物分子结构部门,葛兰素史克研发、Greenford,英国
如果你有任何评论,问题,建议或投诉,请不要犹豫联系作者:
罗杰·塞尔,电子邮件:ras32425@ggr.co。英国生物分子结构rasmol@dcs.ed.ac。英国葛兰素史克研发、Greenford路,Greenford,电话:+ 44(0)81 966 3567米德尔塞克斯UB6咸宁。传真:+ 44(0)81 966 4476英国
一般的操作
- RasMol运行在UNIX或虚拟机
- RasMol运行在微软视窗
- 苹果麦金塔电脑上运行RasMol / PPC
- RasMol的窗口
- 鼠标控制
- 滚动条
- 挑选
- 刻度盘盒
- 命令行接口
- RasMol内尺寸
- 启动初始化文件
- 进程间通信
RasMol运行在UNIX或虚拟机
开始从UNIX或vm RasMol提示,输入命令“RasMol”。这个命令可以紧随其后的是一个可选的文件名。默认情况下,立即开始,程序显示以下消息确定版本号并显示正在运行的程序的深度:
RasMol分子渲染器罗杰·塞尔,1994年10月2.5版本(8位版本)
立即出现下面这个横幅消息程序的命令行提示符“RasMol >”。如果程序正在执行根据X窗口系统,所使用的程序决定的类型显示。如果屏幕有一个8位或24位彩色帧缓冲,RasMol创建另一个窗口,用于显示菜单选项和呈现的图像。如果没有一个合适的屏幕,RasMol可能只被用于从命令行。命令可能输入操作模型,生成的图像输出栅格文件。
如果程序运行X Window系统环境下一个合适的彩色屏幕,RasMol创建一个额外的窗口显示分子交互呈现,因为它是被操纵的。如果RasMol不是X Window系统下运行程序显示消息“没有合适的显示检测到的!”。RasMol可能指示不显示一个图形窗口通过使用命令行选项“-nodisplay”。这是特别有用的使用RasMol作为背景或批处理过程。
可以指定一个坐标文件名或脚本文件名或UNIX / vm命令行上。指定一个脚本文件的格式选项“- script <文件名>”添加到命令行中。分子协调文件可以通过将它的名字在命令行上指定,之前选择文件格式选项。如果没有给定格式选项,指定的协调文件被认为是在PDB格式。有效的格式选项包括“pdb”,“教”,“-mol2”、“xyz”,“——炼金术”和“CHARMm”,布鲁克海文相对应,MDL摩尔文件,Sybyl Mol2, MSC的xyz,分别炼金术和CHARMm格式。如果协调文件和脚本文件在命令行上指定,分子被加载,然后应用脚本命令。如果文件没有找到,程序显示错误消息的错误:文件未找到!”,用户提出RasMol提示。
为了离开RasMol,用户可以输入命令退出RasMol提示,和程序将返回用户熟悉unix提示。或者,如果一个提示除了主要RasMol提示显示,用户可以点击control - C (^ C)离开项目。消息“* * * * * *退出”将会输出到终端,在通常的unix只能提示。程序也可以通过选择终止退出菜单选项,在主菜单的底部。
RasMol运行在微软视窗
开始RasMol Microsoft Windows下,双击项目经理RasMol图标。RasMol第一次启动时,程序显示一个主窗口的显示窗口在屏幕上用黑色背景和提供命令行窗口最小化一个小图标在屏幕的底部。命令行或开终端窗口,双击这个RasMol图标。
可以指定一个坐标文件名或windows命令行上。指定一个脚本文件的格式选项“- script <文件名>”添加到命令行中。分子协调文件可以通过将它的名字在命令行上指定,之前选择文件格式选项。如果没有给定格式选项,指定的协调文件被认为是在PDB格式。有效的格式选项包括“——pdb”,“教”,“-mol2”、“xyz”,“炼金术”和“CHARMm”,布鲁克海文相对应,MDL摩尔文件,Sybyl Mol2, MSC的xyz,分别炼金术和CHARMm格式。如果协调文件和脚本文件在命令行上指定,分子被加载,然后应用脚本命令。如果文件没有找到,程序显示错误消息的错误:文件未找到!”,用户提出RasMol提示。
苹果麦金塔电脑上运行RasMol / PPC
开始RasMol Macintosh,双击使用Finder RasMol图标。当RasMol第一次启动程序显示两个窗口,窗口顶部(黑色背景)是图形或帆布窗口和窗口下面(白色背景)是RasMol命令行窗口。
RasMol Macintosh上也可以通过双击一个文件开始拥有/创建的应用程序的签名“RSML”。这将启动RasMol并通过所选文件加载。没有办法在命令行指定的文件格式与Macintosh RasMol试图确定文件格式通过检查文件的类型签名。文件类型签名“RSML”认为是RasMol脚本文件类型的“更易”认为是MDL摩尔文件和所有其他类型(原则“文本”)被认为是在PDB格式。与其他版本的RasMol是不可能同时指定脚本和协调文件。
拖拽到别名或多文件的电影脚本的副本RasMol应用程序文件可能失败由于混乱哪些是正确的脚本文件夹。双击一个脚本可能会导致类似的问题,如果存在副本。进一步的信息中发现的“电影”脚本操作文档,你会发现引用的解释Macintosh签名以及如何改变他们。
注意,因为在麦金塔电脑只有一个实例的应用程序可以运行在任何时候,如果你双击“RSML”,旗下另一个文件的运行复制RasMol将“杀死”分子和加载指定的新文件。
RasMol的窗口
在所有平台上RasMol显示两个窗口,主要的图形或帆布黑色背景和窗口命令行或终端窗口。图形窗口的顶部(或屏幕顶部的Macintosh)是RasMol菜单栏。菜单栏的内容变化从一个平台到另一个平台来支持当地的用户界面指南,但是所有平台都支持“文件”,“显示”,“颜色”,“出口”和“选项”下拉菜单。主图像窗口也有两个滚动条,一个在右边,一个在底部,可用于旋转分子交互。
麦金塔电脑实现缺乏可用的内置超文本帮助从“帮助”菜单下拉窗口。“帮助”命令在命令行窗口中可以提供文件的rasmol。hlp”是在同一个文件夹作为应用程序本身,但这可能是相对繁琐。因此建议目前的超文本参考手册长大在web浏览器窗口时需要帮助的麦金塔电脑。因为在RasMol 2.6 beta 2内置的超文本参考手册仍在2.5版本,这是推荐给其他操作系统。一个本地副本参考手册从文件菜单中可以保存在web浏览器中,并可以在浏览器的本地模式甚至在电脑上缺乏一个互联网连接。
当鼠标指针位于的图形区域主要显示窗口,鼠标指针画头发十字形光标,启用挑选对象的显示;否则鼠标指针是画一个箭头。输入的任何字符键盘显示窗口时的“集中”(即活跃或前台)重定向到命令行终端窗口。因此你不需要不断地切换焦点之间的命令行和图形窗口。
显示窗口会话期间可能会随时调整。这只是重新调节图像的效果显示在画布上。RasMol强加限制的大小显示窗口,窗口必须大到足以显示菜单、滚动条和没有足够小,适合在一个屏幕上。试图扩大屏幕可能会失败由于主机内存不足,在这种情况下RasMol报告错误消息的渲染器错误:无法分配帧缓冲!”或一些类似的错误。
在八位显示,当程序所需的颜色的数量超过了很多免费的颜色在屏幕上,使用自己的colourmap。这暂时的影响显示所有窗口以外的显示窗口在错误的颜色,鼠标指针在显示窗口。如果鼠标指针移动在显示窗口之外,其他窗口返回的原始颜色,在画布上的图像显示在“错误的颜色”。一旦程序所需的颜色的数量再次下降,呈现的颜色恢复正常。
鼠标控制
这是一个总结RasMol鼠标点击-拖动控制的。的设置鼠标命令模式默认为设置鼠标rasmol,提供控制总结如下。然而,也有设置鼠标的洞察力和设置鼠标广达电脑模式(如下所示)。
| 行动 | 窗户 | 麦金塔电脑 |
| 旋转X, Y | 左 | 未修改的 |
| 把X, Y | 正确的 | 命令* |
| 旋转Z | 右移位 | shift命令* |
| 变焦 | 左移位 | 转变 |
| 板平面 | Ctrl-Left | Ctrl |
*在某些mac,选项(Alt)关键影响RasMol相同命令键。
滚动条
滚动条在画布的底部区域用于对轴旋转的分子,即旋转分子上的最近点向左或向右;和画布的滚动条向右旋转的分子轴,即最近的点。每个滚动条都有一个“指标”来表示的相对取向分子,这是最初在滚动条的中心位置。这些滚动条可以以两种方式操作。首先是通过点击任何点缀滚动条上的鼠标按钮背景表明直接旋转相对于电流指示器的位置;第二个是通过点击箭头两端的滚动条来旋转的分子在固定大小的增量。旋转的分子第二种方法可能导致滚动条上的指标环绕从一个酒吧到另一个。一个完整的革命由指示器表示移动滚动条的长度。角度旋转通过使用箭头取决于当前的显示窗口的大小。
挑选
为了确定一个特定的原子或债券显示,RasMol允许用户选择的对象在屏幕上。鼠标光标弄用于定位十字准线在适当的项目,然后鼠标按钮的沮丧。如果指针位于接近一个可见的对象,程序确定最近的原子的身份识别。
程序将显示,在终端窗口中,原子的类型、编号、名称和残留的号码。如果一个命名的原子是链,链标识符也显示。选择一个原子生成的输出的两个例子显示如下:
Atom: CA 349组:SER 70原子:O 526异性:宏205链:P
第一行描述的α碳丝氨酸- 70氨基酸在蛋白质。这个原子的独特的布鲁克海文序列号是349。以下行描述水分子的氧原子连接到P链的主要分子。“异性恋”这个词区分异构分子(如代数余子式)残留的主要分子所指出的“集团”。(这两个原子是指由两个原子SER70表情”。CA’和‘HOH205: P。O', respectively, when using the RasMol commands select and restrict.]
一个原子上点击鼠标可以不仅使用识别,但也能找到距离两个原子(或显示远程监控),的键角由三个原子,扭转角定义的四个原子,切换标签打开或关闭,或指定中心旋转。看到设置选择命令的详细信息。
刻度盘盒
如果RasMol检测到一个刻度盘盒连接到用户的工作站,它还允许分子操纵交互的表盘。一旦RasMol启动时,它的标签上面的LED显示屏每个刻度盘,旋转X, Y旋转,旋转Z和“变焦”在第一行从左到右,和“反式X”,“反式Y”,“反式Z”和“板”在最后一行从左到右。旋转旋钮将自动转换和重新显示的任何分子交互。表盘只有效应当鼠标指针在显示窗口。如果多个应用程序使用刻度盘盒,必须注意记得拨打标签指定的每个程序,因为每个应用程序可能会覆盖dial-label led。
关于X和Y轴的旋转自动更新指标适当的滚动条。所有的分子旋转表盘旋转180度刻度盘的一个完整的革命。所有剩下的刻度盘夹它们的值允许范围;把这些刻度盘过去他们的限制没有影响。分子的旋转中心的使用可能会改变中心命令在命令行上,或命令设置选择中心其次是鼠标点击。
“放大”拨允许分子在10%和200%之间的互动缩放的原始默认放大。顺时针旋转拨号放大了分子和逆时针方向收缩。一个完整的革命拨打对应于一个100%的变化。
板的刻度盘,只有有效的启用衬板时,允许用户将前面z-clipping飞机从分子上的最近点最远的。一个完整的旋转板拨对应移动剪切面一半前后之间的距离的分子。把板旋钮顺时针移动剪切面接近观众(增加对象显示的数量),并将它逆时针移动更远(防止更多对象显示)。
衬板模式启用通过键入命令“板”在命令行上或上的板选项切换选项菜单。
翻译沿着X和Y轴允许将分子的中心移动屏幕的画布区域内。旋转和缩放仍执行相对于旋转的中心和分子分别可能经常不是画布的中心。反式Z盘目前没有影响。
命令行接口
RasMol维护一个最近使用的历史命令,这样用户不需要重复输入相同的命令。在命令行上键入^ P (Control-P)将显示前面的命令在历史和^ N将显示下面的命令。这些命令可以使用下面描述的特性进行编辑。历史向前或向后通过命令撤销修改当前行。命令历史上留存的数量取决于它们的长度。RasMol可以保留更多的短命令行和更少的长句子。
用户使用微软的Windows版本或X Windows版本和“vt100”或兼容的终端(如一个xterm)可以使用键盘上的光标控制字符缩写的控制键。左右光标键有相同的影响作为F和^ ^ B,移动光标前后分别一个字符。同样,上下光标键有相同的函数作为P和N ^ ^,生产前和命令历史中的下一个条目。
RasMol允许基本的命令行编辑。按退格键,删除或H ^ (Control-H)将删除前面的字符,和关键^ D可以用来删除指针下的文字。几个角色可以用来移动光标在命令行。F B的字符^,^,^ ^ E移动光标回到一个字符,一个字符,线的开始和结束的线,分别。当光标不是在命令行中,键入字符插入行,不覆盖现有的字符。命令行编辑,后一个换行符或回车将进入整个行,不管光标定位。因为RasMol无法移动光标到前一行,必须注意在编辑命令,将几行。如果另一个进程覆盖或腐败命令行字符^ L可以用来重新显示在屏幕上。
RasMol内尺寸
RasMol所有维度,如半径和距离,可以指定在RasMol“单位”或埃。RasMol单位首次被允许合理大小的值在RasMol执行指定的操作。单个RasMol单元对应1/250th埃,因此最常用的值是在数百人。出于这个原因,如果RasMol距离参数,不包含小数点在RasMol假定为单位。例如,命令“spacefill 300”指定一个球体半径300 RasMol单位,或1.2埃。
然而,维RasMol也可以指定在埃内放置一个小数点的数字。例如,“spacefill 1.2”指定一个球体半径在埃。这是特别有用的参数截止距离内的表达式。
启动初始化文件
RasMol每次启动时,它将搜索一个初始化文件的命令运行命令提示符之前呈现给用户。文件被称为.rasmolrc在UNIX系统中,RASMOL.INI在vm和微软的Windows系统。这个文件的格式和执行相同的RasMol脚本命令。
RasMol首先查找初始化文件在当前目录中,如果没有找到将寻找在用户的主目录。在所有系统环境变量家可用于名字合适用户的主目录。如果没有找到个人初始化文件程序查找该文件rasmolrc(或RASMOLRC)RasMol系统目录指向的环境变量RASMOLPATH。这个目录应该包含联机帮助文件rasmol.hlp。在UNIX系统中RASMOLPATH通常是将“/ usr /地方/ lib / rasmol”。
与命令脚本”。rasmolrc”', the program will not generate an error message if the file is not found. The system rasmolrc file is commonly used by system managers to display information about the local installation and who to contact for help contain RasMol echo commands detailing a telephone number or e-mail address to be used for contacting.
进程间通信
RasMol支持进程间通信(IPC)的一种或另一种形式在所有平台上。在Microsoft Windows, IPC实现使用动态数据交换(DDE),在MacIntosh IPC实现X Windows系统上使用苹果事件和IPC实现使用约翰Ousterhaut的Tcl / Tk的通信协议。
RasMol启动时在一个X窗口系统寄存器本身与X窗口服务器Tcl翻译。等在Tcl应用程序的“希望”,您可以使用Tcl命令“winfo插值函数的确定当前显示上注册翻译。第一个实例RasMol寄存器本身作为“RasMol”,第二个“rasmol2”,第三个“RasMol # 3”等等。Tcl解释器可以轻松地发送一个命令rasmol使用内置的“发送”命令。RasMol解释不发送命令的字符串参数作为Tcl函数执行但RasMol命令。因此,打字发送{rasmol}{红}背景的到希望翻译将导致rasmol显示窗口改变颜色。使用相同的编码作为微软的DDE协议执行,多个命令可能会发送一个“送”将在方括号中连续命令。RasMol将执行的所有命令在“发送”刷新屏幕。
下微软视窗系统RasMol支持一个完整的DDE协议。最简单的协议层可以通过发送DDE执行命令来访问应用程序“RasWin”和任何话题。这将启动一个DDE和最近推出的RasMol的实例。虽然可以使用任何主题名称,使用“系统”和/或“远程控制”建议。再次执行的内容包包含一个字符串RasMol执行。如果第一个非空字符是一个开放的支架,字符串解释是包含在方括号中的一系列连续的命令;否则,仅由单个命令的字符串。命令在方括号可以被空格和/或半冒号隔开。RasMol也可以作为一个数据服务器的支持热,寒冷和温暖的链接。目前支持DDE项目包括“名称”、“形象”,“选择”,“数”表示分子的名称,当前显示图像(在微软DIB格式),最后选择原子的原子表达式(或空字符串),分别选择原子的数量。 Using a hot or warm link on the 'Pick' item for example, allows an application such as Microsoft Word, Excel or Visual Basic to respond each time the user clicks on an atom in RasMol.
RasMol上苹果麦金塔支持AppleEvents。目前仅支持AppleEvents是四个“核心”事件,打开应用程序,打开文档,打印文档并辞职。然而,由于OpenDocument文件的类型决定其行动的签名可以用来实现泛型IPC。因为RasMol Macintosh对待所有文件类型的“RSML”脚本,发送类比只需要把所有要执行的命令在一个临时文件,文件的类型设置为“RSML”然后发送RasMol OpenDocument AppleEvent文件作为参数。
命令参考
RasMol允许执行交互式命令输入的“RasMol >“命令行提示窗口(窗口分开图形窗口)。每个命令必须在单独的行中。关键词是不分大小写,可以输入大写或小写字母。所有空白字符将被忽略除了单独的关键字和他们的论点。
命令/关键词目前认可RasMol下面给出。
| 骨干 背景 卡通 中心 剪贴板 颜色 连接 肌酸磷酸激酶 点 定义 回声 退出 HBonds 帮助 标签 |
负载 监控 暂停 打印 辞职 重编号 刷新 重置 限制 丝带 旋转 保存 脚本 选择 集* |
显示 板 源 Spacefill SSBonds 立体声 链 结构 跟踪 翻译 线框 写 糟了! 变焦 |
*请注意,集命令包括大量的重要选项,包括,例如,设置选择它允许测量吗距离,角度和扭转角 在其他的事情。
骨干
语法:骨干{<布尔>}<价值>骨干支柱破折号RasMol的骨干多肽链的命令允许表示为一系列债券连接相邻的每一个氨基酸的α碳原子链。这些骨干的显示“债券”是开启和关闭的命令参数一样线框命令。命令支柱了关闭所选“债券”支柱上或者把它们数量。可以被用来指定数量的圆柱半径表示埃或rasmol单位。一个参数值为500(2.0埃)或以上结果“参数值太大”的错误。使用RasMol骨干对象可能是彩色的颜色的支柱命令。
保留工作骨干也被用作一个预定义的设置和参数设置hbond和设置ssbond命令。RasMol命令跟踪呈现平滑骨干,形成鲜明对比骨干连接与直线α碳原子。线框,骨干和链表示可能显示虚线线(虚线)。这是通过允许启用破折号或破折号参数线框,骨干和链命令。
背景
语法:背景<色调>
RasMol的背景命令用于设置“画布”背景的颜色。颜色可以是一种颜色名称或逗号分隔三红,绿,蓝(RGB)组件包含在方括号。输入命令帮助颜色会给一个预定义的颜色列表名称RasMol承认。在X Windows运行时,RasMol也承认颜色X服务器的颜色名称在数据库中。
的背景RasMol命令的代名词设置背景命令。
卡通
语法:漫画<数字>
RasMol的卡通RasMol丝带表示已经扩展到允许显示理查森(MolScript)正常蛋白的漫画风格。目前实现为厚(深)丝带。最简单的方法获得的卡通表示一种蛋白质是使用上的新卡通选项显示菜单。RasMol命令行上的动画或漫画命令表示当前被选中的残留物作为深丝带宽度参数指定的命令。使用命令漫画没有参数的丝带宽度从蛋白质二级结构,所述的丝带命令。默认情况下,糖基的β折叠显示箭头。
这可能是启用和禁用使用集的漫画命令。卡通的深度可能调整使用集的漫画命令。一组漫画命令没有任何参数返回这两个选项的默认值。
中心
语法:中心中心{<表达式>}{<表达式>}RasMol的中心命令定义的一点旋转命令和滚动条旋转当前分子。没有一个参数中心命令重置的中心旋转的分子的重心。如果指定一个原子的表情,RasMol旋转重心的分子原子的集合指定的表达式。因此,如果表达式指定的单个原子,原子将保持固定在旋转。
类型帮助表达RasMol原子表达式的更多信息。
剪贴板
语法:剪贴板
RasMol的剪贴板命令地方当前显示图像的一个副本在本地图形“剪贴板”。注:此命令不支持在UNIX或vm机器。它的目的是使传递应用程序之间的图像更容易在Microsoft Windows或苹果Macintosh。
当使用RasMol在UNIX或vm系统这个功能可以通过生成一个光栅图像的格式,可以使用RasMol读取接收程序写命令。
颜色
语法:颜色{<对象>}<色调>{<对象>}<色调>颜色{<对象>}< (RGB值)>颜色的原子(或其他对象)选定的区域。颜色可以是一种颜色名称或逗号分隔三红,绿,蓝(RGB)组件包含在方括号。一个典型的RGB值是[255255255]颜色白色。输入命令帮助颜色会给所有预定义的颜色名称的列表由RasMol认可。
允许对象原子,债券,骨干,丝带,标签,点,hbonds,ssbonds。如果没有指定对象,默认关键字原子假定。一些配色方案为特定对象类型定义。
颜色方案没有一个可以应用于所有对象除了原子和点,说明所选对象没有自己的颜色,但使用的颜色相关的原子(即原子的连接)。这个命令在脚本文件中尤其有用。
原子对象也可以是彩色的肌酸磷酸激酶,氨基,链,集团,有条理的,结构,温度,负责,用户。氢键也可以的类型颜色和表面点也可以静电势。
更多信息见颜色。
连接
语法:连接{<布尔>}RasMol的连接命令用于迫使RasMol(重新)计算当前的连接分子。如果原始输入文件包含连接信息,这是丢弃。命令连接错误使用一个极快的启发式algorithmm适合测定结合在大型生物分子如蛋白质和核酸等。命令连接正确使用较慢的更精确的算法基于共价半径更适合小分子含有无机元素或紧张的戒指。如果没有给出参数,RasMol决定使用哪种算法基于原子在文件的数量。大于255原子导致RasMol使用更快的实现。这是用来确定键的方法,如果有必要,当一个分子第一次读到在使用负载命令。
定义
语法:定义<标识符> <表达式>
RasMol的定义命令允许用户将任意设定的原子与一个独特的标识符。这允许用户定义的集合的定义。这些设置都被静态地声明,即一旦定义的内容不会改变,即使表达式定义它们取决于当前的转换和表示分子。
点
语法:点{<布尔>}点<值>RasMol的点命令是用于生成一个范德瓦尔斯点表面在当前选中的原子。点表面显示定期间隔点一个球体的范德瓦耳斯半径对每个选定的原子。点,“埋”在任何其他原子的半径范德瓦尔斯(选择)不显示。命令点删除任何现有的点表面,生成一个表面当前选中的原子周围设置一个默认的点密度为100。命令点了删除任何现有的点面。通过提供一个指定的点密度可能是数字1和1000之间的参数。这个值大约表面对应点的数量一个中等大小的原子。
默认情况下,每个点上一个点的颜色表面的颜色是它最亲密的原子表面生成。整体的颜色点表面可能改变使用颜色的点命令。
回声
语法:回声{<字符串>}RasMol的回声命令用于显示一条消息在RasMol命令/终端窗口。双引号的字符串参数可以被分隔字符。如果没有指定参数,回声命令将显示一个空白行。这个命令用于显示文本从内部RasMol尤其有用脚本文件。
退出
语法:退出
RasMol的退出命令用于终止执行一个脚本(返回到命令行,或调用脚本),或进程间通信,关闭程序之间的联系。
的辞职相比之下,命令终止RasMol本身的执行。
HBonds
语法:hbonds{<布尔>}hbonds <值>RasMol的hbond命令用于表示蛋白质分子的氢键的脊背。这些信息是有用的在评估蛋白质的二级结构。氢键被表示为虚线或圆柱体在供体和受体之间残留。第一次hbond命令,程序搜索来找到氢分子的结构结合残留物和报告的数量债券给用户。命令hbonds上显示选中的“债券”为虚线,和hbonds掉关闭他们的显示。hbond对象的颜色可能会改变的颜色hbond命令。最初,每一个氢键连接原子的颜色。
默认情况下之间的虚线是接受捐赠氮和氧。通过使用设置hbonds命令的α碳位置适当的残留物可以使用。这是特别有用,当检查蛋白质骨架表示。
帮助
语法:帮助{<主题>{<标题>}}?{<主题>{<标题>}}RasMol的帮助命令在给定主题提供了在线帮助。
标签
语法:标签{<字符串>}标签<布尔>RasMol的标签命令允许将任意格式的文本字符串与每个当前选择关联原子。这个字符串可能包含嵌入式扩展说明符的显示属性的原子被贴上标签。扩大说明符由一个“%”字符后跟一个字母字符显示指定属性(类似于C的printf语法)。一个真正的“%”字符可能被显示通过使用扩展说明符“% %”。
对当前选中的原子原子标签可能被关闭的命令标签。默认情况下,如果没有给定的字符串作为参数RasMol使用标签适合当前的分子。RasMol使用标签“r % n %: % c。%“如果分子包含不止一个链,“% e %我“如果分子只有一个单一的残渣(小分子)和“% n % r。“否则%。
每个标签的颜色可以改变使用彩色标签命令。缺省情况下,每个标签是在相同的颜色的原子。显示文本的大小可以改变使用字形大小设置命令。
下表列出了当前扩展说明符:
% b原子名称% % % c % s t b因子/温度链标识符% e元素原子符号%我原子序号% m单字母氨基酸密码% n残渣名称;三个字母的代码% r残留数量
RasMol原子表达式的语法允许的选择如果出现在一个单独的分子构象核磁共振的文件。最简单的原子形式表达式语法
::25 - 25分子的选择模型。
这相当于原子表达式
模型= 25
作为关键字模型现在可能比较表达式中使用。原子的最一般的形式表达现在CYS32: 25。年代G which denotes the gamma sulphur of residue cysteine-32 in chain A of model 25.
个人链可能指定的语法”:“对于链,或“:1”链1(即通配符表达式可能从“*:”)。这也可能扩展到核磁共振模型;”::4”表示链模型4,甚至更多的简洁意味着所有原子的核磁共振链模型4。
负载
语法:负载{<格式>}<文件名>{<格式>}内联一个分子协调文件加载到RasMol2。有效的分子文件格式pdb(布鲁克海文蛋白质数据库),mdl(分子设计有限公司的摩尔文件格式),炼金术(考试的炼金术文件格式),mol2(考试' Sybyl Mol2文件格式),mopac(mopac文件格式;笛卡尔或z-matrix格式),nmrpdb(nmr multi-pdb文件格式),charmm(CHARMm文件格式)或xyz(MSC XMol XYZ文件格式)。如果没有指定文件格式,pdb默认假设。只有一个分子可以加载一次。删除加载另一个使用RasMol之前一个分子糟了!命令。
的负载命令选择所有的原子分子,中心在屏幕上,使它作为一个肌酸磷酸激酶彩色线框模型。如果分子不含债券(即只包含α碳原子),它是作为α碳骨架。如果文件指定债券低于原子,RasMol决定连接使用连接命令。
的负载内联命令还允许存储在脚本中原子坐标与WWW浏览器允许更好的整合。load命令在执行脚本文件现在可以指定关键字内联而不是传统的文件名。这个选项指定的坐标分子加载存储在相同的文件作为当前执行的命令。这通常用于命令负载pdb内联,紧随其后的是大量RasMol命令终止命令退出。的退出命令终止执行当前的脚本,并将控制返回到命令行(或调用脚本)。这意味着任何行退出由RasMol从不解释。这些可能是用于存储原子坐标在PDB文件格式。因为在布鲁克海文PDB文件格式,任何线不认可的解析器应该被忽略,只有原子线开始,HETATM,怪兽等检查。因此一个文件可能同时RasMol脚本和PDB文件。这允许协调和表示数据传输作为一个单独的文件。一个可能的使用是一个标准的RasMol脚本前缀,可以连接一个适当的PDB文件动态。
监控
语法:监控<数字> <数字>监控{<布尔>}RasMol的监控命令允许距离显示器的显示。远程监控是一个(虚线)虚线之间的任意一对原子,可选标签通过它们之间的距离。
监控<数字> <数字>添加这样一个指定的两个原子的原子之间的距离监控序列号作为参数。
距离显示器与命令关闭监控了。默认情况下,显示器显示它的两个端点之间的距离作为标签的中心监控。这些标签的距离可能关闭的命令设置监控了,重新启用命令设置监视器。像大多数其他表示显示器的色彩取自它的结束点的颜色,除非指定的彩色显示器命令。
距离显示器也可以被添加到一个分子与鼠标交互,使用 设置选择监控命令。点击一个原子导致它被发现在rasmol命令行。除了每个原子选择增量模计数器,这样在监控模式下,每秒钟原子显示这个原子之间的距离和上一个。shift键可以用来形成一个固定的原子之间距离显示器和几个连续的位置。距离显示器也可以删除(连接)通过选择适当的一双第二次原子端点。
暂停
语法:暂停等
RasMol的暂停命令在脚本文件停止脚本文件用于本地操作鼠标,直到任意键作招待员重新启动脚本文件。等待是的代名词暂停。
这个命令可以执行在RasMol脚本文件暂停的顺序执行命令,允许用户查看当前图像。当RasMol执行“暂停”命令在脚本文件中,它中止执行其余的文件,刷新屏幕上的图像,并允许图像的操作使用鼠标和滚动条,或调整的图形窗口。一旦一个键被按下时,控制返回到脚本文件后的线“暂停”命令。暂停脚本时分子可能会旋转,翻译,缩放,不同形状和选为正常,但所有的菜单命令都是禁用的。“暂停”可以与“回声”命令最有效地使用在教育作为示范,在当前图像的描述呈现给用户/学生。通常命令之前“暂停”应该是“回波按任意键继续”。
执行一个脚本可以取消按Control-D或Control-Z(在VAX / VMS, control - c),而站在一个暂停。命令设置选择没有禁用挑选,避免虚假消息的显示在脚本暂停暂停。
打印
语法:打印
RasMol的打印命令将当前显示图像发送到本地默认打印机使用操作系统的本地打印机驱动程序。注:此命令不支持UNIX或虚拟机。它的目的是利用Microsoft Windows和苹果麦金塔电脑的打印机驱动程序。例如,允许图像点阵打印机直接打印。
当使用RasMol在UNIX或vm系统这个功能可能通过使用RasMol生成PostScript文件写ps或写vectps命令和打印或生成栅格图像文件并使用一个实用程序转储到本地打印机。
的技术高分辨率印刷中讨论常见问题解答。
辞职
语法:戒烟
退出RasMol计划。RasMol命令退出有不同的功能。
刷新
语法:刷新
RasMol的刷新命令中使用脚本文件重绘当地的形象。
重编号
语法:重编号{{-}<价值>}RasMol的重编号命令顺序数字残留在大分子链。可选参数指定序列中的第一个残留的价值。默认情况下,这个值是1。每个氨基酸的蛋白质,从N末端的C末端连续编号。对于核酸,每个基地编号5的终点站3 '末端。当前数据库中所有链重新编号,差距在原始序列将被忽略。的起始值编号可能是负面的。
重置
语法:重置
RasMol的重置命令恢复原来的查看转换和旋转的中心。规模设置为默认值,100年变焦,旋转的中心设置为当前加载的分子的几何中心,中心,这个中心是翻译中间的屏幕和角度设置为默认的方向。
这个命令不应被误认为是RasMol糟了!命令,删除当前存储分子,返回其初始状态。
限制
语法:限制{<表达式>}RasMol的限制命令定义了当前选中的区域的分子和禁用的表示(大部分)的部分分子不再选择。所有后续RasMol命令修改效应分子的颜色或表示当前选中的地区。的参数限制命令是一个原子RasMol表达式,用来评估每一个原子的分子。RasMol这个命令非常相似选择命令,除了限制禁用线框图,spacefill和骨干表示未被选中的区域。
的限制现在命令关闭显示的丝带,外链、漫画和脊椎给定原子的表达式。
输入“帮助表达”的更多信息RasMol atomexpressions。
丝带
语法:丝带{<布尔>}<值>RasMol的丝带命令显示当前加载的蛋白质或核酸作为一个光滑的固体表面传递“丝带”的骨干蛋白质。每个氨基酸之间的带画的α碳是当前选中。RasMol丝带的颜色改变的颜色的丝带命令。如果当前是丝带颜色没有一个(默认),颜色从α碳在每个位置沿其长度。
丝带的宽度在每个位置的可选参数是由平时RasMol单位。默认情况下带的宽度是来自蛋白质的二级结构或一个常数值720(2.88埃)核酸。蛋白质α螺旋和β折叠的默认宽度是380(1.52埃),100(0.4埃)和随机线圈。二级结构分配从PDB文件或使用DSSP算法来计算使用的结构命令。这个命令类似于RasMol命令链使得生物分子丝带平行depth-cued曲线。
旋转
语法:旋转<轴>{-}<值>分子对指定的轴旋转。允许轴参数的值是“x < tt > < b > < / b > < / tt >”、“< tt > < b > y < / b > < / tt >”和“< tt > < b > z < / b > < / tt >”。州的整数参数结构旋转角的度。X和Y轴,正值移动最接近点,和消极的价值观分别搬下来和离开。Z轴,一个积极的旋转行为和负角逆时针顺时针方向旋转。
保存
语法:拯救{pdb} <文件>保存炼金术<文件>保存mdl <文件名>保存当前选择的一组原子在布鲁克海文蛋白质数据库(PDB)或炼金术(tm)格式的文件。这个命令和RasMol之间的区别写命令已经下降。唯一的区别是没有格式说明符保存命令生成一个PDB文件和写命令生成一个GIF的形象。
脚本
语法:脚本<文件名>
RasMol的脚本命令读取一组RasMol命令从一个文本文件,并执行顺序。这允许的常用命令序列存储和执行简单的命令。RasMol脚本文件可能包含一个进一步的脚本命令的最大“深度”,允许compilicated序列执行的操作。RasMol忽略所有字符后第一个“#”字符允许脚本注释的每一行。脚本文件通常也使用RasMol注释回声命令。
RasMol脚本文件可以与生成写脚本或写rasmol命令输出命令的顺序需要重新生成当前视图,当前显示的表示和色素分子。这些自动生成的脚本只生成一个图像。
RasMol脚本文件也可以手动创建一个文本编辑器。通过使用这些脚本暂停和刷新命令,可以生成“电影”。详细的脚本创建指南是可用的。
RasMol命令源的同义词是脚本命令。
选择
语法:选择{<表达式>}分子的定义当前选中的地区。所有后续RasMol命令操作一个分子或修改其颜色或陈述,只影响当前选中的地区。的参数选择命令是一个RasMol表达式,计算每一个原子的分子。当前选择的分子是原子的(积极的)区域,导致表达评估真实的。选择整个分子使用RasMol命令选择所有。的行为选择RasMol命令没有任何参数决定异性恋的和氢参数。
类型“帮助表达”RasMol原子表达式的更多信息。
有一个单独的介绍在一致和RasMol选择命令。
集
语法:设置<参数>{<选项>}RasMol的集命令允许用户改变各种内部程序参数如控制渲染选项。每个参数都有自己或允许的参数选项。通常,呕吐参数选项重置参数的默认值。有效的参数名称的列表如下所示。
| 环境 轴 背景 BackFade BondMode 债券 BoundBox 卡通 显示 字形大小 HBonds |
异性恋的 沙漏 氢 Kinemage 菜单 监控 鼠标 挑选 半径 影子 |
SlabMode 溶剂 镜面 SpecPower SSBonds StereoViewing 链 TransparentGif UnitCell VectPS 写 |
显示
语法:显示信息显示序列显示对称
RasMol的显示命令显示当前加载的分子状态的细节。命令显示信息列出了分子的名称、分类、PDB代码和原子的数目,连锁店,它包含组。如果氢键、二硫桥或二级结构已经确定,hbonds, ssbonds,螺旋,梯子,也分别显示。命令显示顺序列出了残留每个分子链组成。
板
语法:底板{<布尔>}<值>RasMol的板命令启用,禁用或职位z-clipping平面分子。程序只吸引了那些部分的分子比衬板平面进一步从观众。值的范围从零的分子,100年是完全的分子。中间值确定分子的百分比。
通过固定板平面旋转旋转分子。因此,立体声板时不会产生一个有效的立体图像。
另请参阅设置slabmode。
Spacefill
语法:spacefill{<布尔>}spacefill温度spacefill用户spacefill <值>RasMol的spacefill命令是用来表示当前选中所有的原子固体球体。这个命令是用来产生union-of-spheres和分子的球棍模型。的命令,spacefilll真的,默认情况下,代表每个原子的范德华半径范围。命令spacefill掉关闭选择原子作为领域的代表性。一个球体半径可能在RasMol单位指定为一个整数(1/250th埃)或值包含一个小数点。值为500(2.0埃)或更大的结果误差参数值太大。
的温度选项设置每个球体的半径值存储在它的温度场。零或负值的原因没有影响和值大于2.0截2。的用户选项允许指定每个球体的半径由额外的线在分子的PDB文件使用光栅三维的颜色记录扩展。
RasMol命令肌酸磷酸激酶的同义词是spacefill命令。
SSBonds
语法:ssbonds{<布尔>}ssbonds <值>RasMol的ssbonds命令用于表示二硫化物蛋白质分子的桥梁连接半胱氨酸之间的虚线或圆柱体。第一次ssbonds命令,程序搜索来找到half-cysteine对蛋白质的结构(半胱氨酸硫杀菌剂的彼此在3埃)和报告用户的桥梁。命令ssbonds上显示选中的“债券”为虚线,和命令ssbonds掉禁用的ssbonds显示当前选择的区域。选择二硫化物桥梁是相同的普通债券,并可能使用RasMol调整设置bondmode命令。二硫化物债券可能改变使用的颜色颜色ssbonds命令。缺省情况下,每个二硫化物键连接原子的颜色。
默认情况下二硫化物债券是在半胱氨酸硫原子组之间。通过使用设置ssbonds命令半胱氨酸的α碳原子的位置可以使用。
立体声
语法:立体声音响[-]<数字>立体声
RasMol的立体声并排命令提供了立体显示的图像。立体观看一个分子可以通过选择打开(关闭)立体声从选项菜单或通过输入命令立体声音响上或音响了。两种观点之间的分离角可能会调整的设置立体[-]<数字>命令,积极的价值观导致了眼查看和消极的价值观放松(wall-eyed)查看。的包容[-]<数字>在立体声命令,例如立体声3或立体5,也控制角度和方向。
RasMol版本2.6 beta 2,立体声命令只是部分实现的。当打开音响,形象不是适当的断裂。(这个可以用翻译x - <数字>命令。)它不支持向量PostScript输出文件,不保存写脚本命令,一般还没有适当的界面上的几个程序的其他功能。当板一起在立体图像,其结果不是一个立体视图。
链
语法:链链{<布尔>}< >价值股冲刺RasMol的链命令显示当前加载的蛋白质或核酸depth-cued曲线的光滑的“丝带”传递的骨干蛋白质。丝带由许多链彼此平行的肽平面每个残留。每个氨基酸之间的带画的α碳是当前选中。RasMol丝带的颜色改变的颜色的丝带命令。如果当前是丝带颜色没有一个(默认),颜色从α碳在每个位置沿其长度。中央和外层股的颜色可能是彩色独立使用颜色ribbon1和颜色ribbon2命令分别。链的数量使用RasMol带子可以变更套链命令。
丝带的宽度在每个位置的可选参数是由平时RasMol单位。默认情况下带的宽度是来自蛋白质的二级结构或常数值720核酸(产生一个丝带宽2.88埃)。蛋白质α螺旋和β折叠的默认宽度是380(1.52埃),100(0.4埃)和随机线圈。二级结构分配从PDB文件或使用DSSP算法来计算使用的结构命令。这个命令类似于RasMol命令丝带使得生物分子丝带光滑表面阴影。
线框,骨干和链表示可能显示虚线线(虚线)。这是通过允许启用破折号或破折号参数线框,骨干和链命令。
结构
语法:结构
RasMol的结构命令计算当前加载的蛋白质二级结构作业。如果原始PDB文件包含结构分配记录(螺旋和表)这些都是丢弃。最初,找到当前分子的氢键,如果没有这么做了。二级结构是决定使用Kabsch和桑德的DSSP算法。一旦完成了项目报告螺旋线,链,发现。
跟踪
语法:跟踪{<布尔>}跟踪<价值>跟踪温度RasMol的跟踪命令显示连续α碳之间的光滑样条的位置。这个样条不完全穿过每个残留的α碳的位置,但遵循同样的路径丝带,链,漫画。注意,每个残留可能显示为一个丝带,链,卡通或跟踪,使其中一个表示禁用。然而,残渣可以同时显示如上骨干的表示(尽管这可能会改变在未来版本的RasMol]。(在2.6版本之前,跟踪是的代名词骨干。]
跟踪温度显示骨干作为一个更广泛的汽缸高温因素和稀释剂在较低。这种表示方法是有用的x射线晶体学家们和核磁共振光谱学家。
翻译
语法:翻译<轴>{-}<值>RasMol的翻译命令的位置移动屏幕上的分子的中心。轴的轴参数指定在分子动摇和整数参数指定的绝对位置分子中心从屏幕的中间。允许轴参数的值x,y,z。位移值必须在-100年和100年之间,对应于当前分子在屏幕上移动。一个积极的x向右位移移动分子,和积极的y位移运动分子的屏幕。两人的命令翻译x 0和翻译y为0中心屏幕上的分子。
线框
语法:线框{<布尔>}<价值>线框线框破折号RasMol的线框命令代表每个键选定区域内的分子作为一个缸,一条线或depth-cued向量。债券作为depth-cued向量的显示(画深远离观众)是打开的命令线框或线框。所选债券是显示为气缸通过指定一个半径为整数RasMol单位或包含小数点埃的一个值。一个参数值为500(2.0埃)或以上的结果在一个“参数值太大”的错误。债券可能的使用颜色的债券命令。
线框,骨干和链表示可能显示虚线线(虚线)。这是通过允许启用破折号或破折号参数线框,骨干和链命令。
写
语法:写{<格式>}<文件名>写一个文件的当前图像标准光栅格式。目前支持的图像文件格式包括“gif”(Compuserve GIF)。”虹膜“(虹膜篮板格式),ppm”(便携式象图),“拉”(太阳rasterfile),“ps”和“epsf“(封装PostScript)”,monops“(单色封装PostScript)”,vectps”(向量PostScript,见下文),“骨形态发生蛋白”(微软位图)和“皮克特人”(苹果皮克特人)。的写命令也可以使用其他图形生成命令脚本程序。的格式脚本包含RasMol写出一个文件脚本命令来复制当前的图像。的格式molscript写出所需的命令来呈现当前视图的分子丝带每Kraulis Molscript程序和格式kinemage大卫·理查森的程序法师的命令。
RasMol命令写vectps <文件名>创建一个postscript文件在打印机分辨率,然后可以发送到您的打印机。(这个命令不是RasMol出口菜单上也不记录在联机帮助。ps文件名写入光栅postscript命令写在屏幕分辨率)。向量postscript的缺点是,目前它不支持丝带、卡通、链或痕迹。请注意,设置vectps命令添加了汽缸债券或球体。然而,它现在不工作领域交叉超过另一个球体。因此,它适用于粘或球棍图像对于大多数但不是spacefilling图像。
的技术高分辨率印刷中讨论常见问题解答。
这个命令和RasMol之间的区别保存命令已经下降。唯一的区别是没有格式说明符保存命令生成一个PDB文件和写命令生成一个GIF的形象。
的组写命令启用和禁用使用“保存”和“写”脚本。
“写gif <文件名>”命令允许代透明gif。这可能是由“设置透明”和“透明”的命令。
糟了!
语法:糟了!
删除当前数据库的内容和重置参数变量的初始默认状态。
变焦
语法:变焦{<布尔>}变焦<值>改变当前显示的放大图像。布尔参数放大或重置当前分子的规模。一个整数参数指定所需的放大的比例默认的规模。最大最小值参数值是10,参数值的大小取决于分子显示。中等大小的蛋白质这是大约500。
内部参数
RasMol有许多内部参数,可以修改使用集命令。这些参数控制程序的选项,例如渲染选项和鼠标按钮映射。
完整的内部参数名称列表下集命令。
设置环境
语法:设置环境{<价值>}RasMol的环境参数是用来控制环境(或附近)光的量在现场。的环境0到100之间的值必须是控制对象的百分比强度最黑暗的阴影。整整一个对象,这是表面背向光源的强度或阴影。depth-cued对象这是对象的强度最大的查看器。
这个参数通常用于校正显示器不同伽马值(亮度),改变光或黑暗硬拷贝图像出现在打印或改变线框图或丝带表示深度的感觉。
设置轴
语法:设置坐标轴<布尔>设置坐标轴设置轴
RasMol的轴参数控制的正交协调轴显示当前显示。协调轴是那些用于分子数据文件,起源是分子的边界框的中心。的设置轴命令类似的命令设置boundbox和设置unitcell显示边界框和晶体晶胞。
与设置轴显示的字符X, Y和Z的积极方向笛卡尔轴。
设置Backfade
语法:设置backfade backfade
阴影任意背景颜色,而不是黑色,可以执行。这是由命令控制的“设置backfade”和“设置backfade掉”。例如,这可能是用于生成depth-cued线框消失在白色的图像,而不是黑色的。
设置背景
语法:设置背景{<色调>}RasMol的背景参数用于设置“画布”背景的颜色。颜色可以作为一个颜色名称或逗号分隔三红,绿,蓝(RGB)组件包含在方括号。输入命令帮助颜色会给一个预定义的颜色列表名称RasMol承认。在X Windows运行时,RasMol也承认颜色X服务器的颜色名称在数据库中。
命令设置背景RasMol命令的同义词吗背景。
RasMol的设置bondmode命令控制机制用于选择个人债券。当使用
设置BondMode
语法:设置bondmode并设置bondmode或
RasMol的设置bondmode命令控制机制用于选择个人债券。当使用选择和限制选择命令,一个给定的键bondmode如果我)或和连接的原子被选中时,或(二)bondmode和和两个原子连接的键选择。因此个人债券可以唯一标识使用命令“设置bondmode和”然后独特选择两端的原子。
集合债券
语法:设置债券<布尔>
RasMol的集合债券双键和三键的命令控件显示多行或气缸。目前债券订单只有从MDL摩尔文件,读取Sybyl Mol2格式文件,优等考试炼金术和合适的布鲁克海文PDB文件格式文件。双(三)PDB文件中指定的债券是通过指定一个给定的键两次(三倍)连接记录。命令“债券”使显示的键序,命令“债券”和“债券”禁用它们。看到常见问题解答详细的例子。
设置BoundBox
语法:设置boundbox <布尔>
RasMol的boundbox参数控制的显示当前分子边界框的显示。这个边界框是正交数据文件的原始协调轴。的设置boundbox命令类似的命令设置轴和设置unitcell显示正交分别协调轴和边界框。
集卡通
语法:卡通<布尔>集合漫画<数字>
默认情况下,糖基的β折叠显示箭头。这可能是启用和禁用使用集的漫画命令。卡通的深度可能调整使用集的漫画命令。的集的漫画命令没有任何参数返回这两个选项的默认值。
设置显示
语法:设置显示选定的设置显示正常
这个命令在RasMol控制显示模式。默认情况下,设置显示正常,RasMol显示分子由用户指定的代表。命令设置显示选择改变显示模式,分子是暂时的吸引,以显示当前选中部分的分子。用户指定的颜色方案和表示保持不变。在此代表所有选定原子所示黄色和所有非选择原子则显示为蓝色。背景的颜色也变成了深灰色指示显示模式的变化。这个命令通常由外部只使用图形用户界面(gui)。
设置HBonds
语法:集hbonds骨干集hbonds sidechain
RasMol的hbonds参数确定氢键是施主和受主原子之间的氢键,设置hbonds sidechain蛋白质的α碳原子之间或骨干和核酸磷原子之间的骨干,设置hbonds骨干。氢键的实际显示的控制hbonds命令。图纸之间的氢键蛋白α碳原子或核酸磷原子非常有用当其他分子只有一个示意图表示如所示骨干,丝带或链。他的参数是类似于RasMolssbonds参数。
字形大小设置
语法:设置字形大小{<价值>}RasMol的字形大小设置命令是用来控制字符构成原子的大小标签。这个值对应像素的显示字符的高度。的最大价值字形大小是32像素,默认值是8像素高。在屏幕上显示原子标签使用RasMol标签命令和改变显示的颜色标签,使用彩色标签命令。
集杂
语法:设置杂<布尔>
RasMol的异性恋的参数是用于修改RasMol的“违约”行为选择命令,即行为的选择没有任何参数。当这个值假的,默认的选择地区不包括任何异构原子(参考组预定义异性恋的)。当这个值真的,默认的选择地区可能含有杂原子。这个参数类似于RasMol氢参数确定氢原子应该包含在默认设置。如果两个异性恋的和氢是真的,选择相当于没有任何参数选择所有。看到也组色系,这是受到的价值的影响异性恋的参数。的杂原子RasMol的项选项菜单也可以用来切换的价值异性恋的参数。
设置沙漏
语法:设置沙漏<布尔>
RasMol的沙漏参数允许用户启用和禁用的使用小时玻璃的光标RasMol用来表明该计划目前正在忙着画下一帧。命令设置沙漏使指标,同时使沙漏防止RasMol改变光标。这是有用的分子旋转时,运行一个命令序列从脚本文件或使用进程间通信来执行复杂的命令序列。在这些情况下闪烁的光标会分散注意力。
设置氢
语法:设置氢<布尔>
RasMol的氢参数是用于修改RasMol的“违约”行为选择命令,即行为的选择没有任何参数。当这个值假的,默认的选择地区不包括任何氢和氘原子(参考组预定义氢)。当这个值真的,默认的选择地区可能含有氢原子。这个参数类似于RasMol异性恋的参数决定了异构原子是否应包含在默认设置。如果两个氢和异性恋的是真的,选择相当于没有任何参数选择所有。
设置Kinemage
语法:设置kinemage <布尔>
RasMol的设置kinemage命令控制的详细信息存储在一个Kinemage RasMol生成的输出文件写kinemage命令。输出kinemage文件的目的是由大卫·理查森的法师显示程序。设置kinemage假,默认的,目前只有存储显示生成的输出文件中表示。命令设置kinemage真,生成一个包含线框和更复杂的Kinemage骨干表征以及协调轴,边界框和水晶细胞单位。
设置菜单
语法:设置菜单<布尔>
RasMol的设置菜单命令使画布窗口的菜单按钮或菜单栏。这个命令通常只使用图形用户界面或创造尽可能大的图像在使用微软的Windows操作系统。
设置监控
语法:设置监控设置监视器上
的距离监控标签可能与命令关闭设置监控了,重新启用命令设置监视器。
设置鼠标
语法:设置鼠标rasmol设置鼠标洞察力设置鼠标广达电脑
RasMol的设置鼠标命令设置旋转,平移,缩放和缩放鼠标绑定。默认值是rasmol适用于两个按钮老鼠(三个按钮老鼠第二和第三个按钮是同义的);x - y旋转是由第一个控制按钮,x - y翻译第二。额外的功能由持有一个修饰词控制键在键盘上。(转移)和第一个按钮执行缩放(转移)和第二个按钮执行Z-rotation[控制]和第一个鼠标按钮控制剪切面。的洞察力和广达电脑提供相同的鼠标绑定作为有经验的用户的其他包。
设置选择
语法:选择集合挑选挑选没有集合挑选鉴别挑选距离集合选择监测集选角选扭转集合挑选标签设置选择中心
的设置选择一系列命令会影响用户可能与一个分子在Rasmol显示在屏幕上。
启用/禁用原子挑选。
用鼠标点击一个atom结果显示的识别和残留的名字,剩余数量,atom名称、序列号和链命令窗口。这种行为可能被禁用的命令设置选择没有和恢复命令设置选择鉴别。
禁用挑选使用设置选择了执行时是有用的暂停RasMol脚本中的命令,因为它会阻止虚假消息的显示在命令行上无声的脚本暂停。
测量距离、角度和扭转。
交互式测量距离、角度和扭力达到使用的命令
设置选择的距离
设置选择监控
组选角
和
设置选择扭转
分别。在这些模式中,点击一个原子导致它被发现在rasmol命令行。除了每个原子选择增量模计数器,在距离模式中,每一秒原子显示距离监控(或距离)这个原子与前一个。在角模式中,每三原子显示前三个原子之间的角和扭转模式每四原子显示过去的四原子之间的扭转。按住shift键,选择一个原子,这个模计数器不是例如,增加并允许连续原子的距离从一个固定的原子被显示。看到监控命令对于如何控制距离的显示监控线路和标签。
标签原子用鼠标。
鼠标也可以用来切换显示给定原子原子的标签。RasMol命令设置选择标签删除一个标签从一个原子,如果已经有了一个,或显示一个简洁的标签,否则原子的位置。
中心旋转用鼠标。
原子分子可能集中在一个指定的位置使用RasMol命令
设置选择中心或设置选择中心。在这种模式下,选择一个原子会引起进一步旋转点。
设置半径
语法:设置半径{<价值>}RasMol的设置半径命令用于改变RasMol的行为点命令的价值根据溶剂参数。当溶剂是真的,的半径参数控制是否真正的范德瓦尔斯表面生成的点命令。如果该值的半径不是0,这个值被用作就是secu * tanu减去VdW每个原子的半径,而不是真的值。时的值溶剂是真的,这个参数决定了“小球”(溶剂)半径。参数可以作为一个整数rasmol单位或者包含小数点在埃。这个参数的默认值是由价值决定的溶剂和改变溶剂重置半径新的默认值。
设置阴影
语法:设置阴影<布尔>
RasMol的设置阴影命令启用和禁用射线追踪当前呈现的形象。目前只spacefilling表示阴影或者可以投射阴影。启用跟踪将自动禁用Z-clipping(切块)飞机使用命令板了。射线追踪通常需要大约10年代一个中等大小的蛋白质。建议跟踪通常是残疾人而分子被转换或操纵,并只启用一次选择一个恰当的观点,提供更大深度的印象。
设置SlabMode
语法:设置slabmode < slabmode >
RasMol的slabmode参数控制的渲染方法spacefilled原子减少衬板(z-clipping)飞机。呈现债券、漫画、丝带和线是一个拒绝模式(见下文),和不受板模式。有效slabmode参数拒绝(默认的债券和漫画)一半,空心,固体(默认的在spacefilled原子),部分。
没有板模式RasMol显示真正的板,即一段常数非零厚度。这样一个板是由两个切平面,定义一个背后。后飞机后面的一切,或者前面的前面的飞机,是隐藏的。(在RasMol相比,法师是一个真正的板板模式;板厚度由“zslab”滑块,控制和板的中心移动到前方或后方的“ztran”滑块)。
- 拒绝:所有原子和债券成为整体。原子或债券削减z-clipping平面完全隐藏起来。漫画、丝带和线是在或接近z-clipping平面。这是无条件的呈现除了spacefilled原子。
- 一半:只有前面部分spacefilled原子减少z-clipping平面显示,它们呈现为一个中空的球面与前面的部分z-clipping飞机隐藏。因此你可以看到通过漏洞方面的这些“环”原子原子。
- 空心:Spacefilled原子所削减z-clipping平面上呈现为一个中空的球面与前面的部分z-clipping飞机隐藏。因此你可以看到在这些原子原子的后内表面或其他相交(保税)原子的部分。
- 固体:Spacefilled原子减少z-clipping平面与平面切割面呈现为实心球体(好像由粘土和切刀)。这是默认spacefilled原子。
- 部分:只有减少(固体)的表面原子削减z-clipping平面上呈现。所有原子后面或前面z-clipping飞机是隐藏的。图像是一个零厚度平面平行于屏幕观看。
设置溶剂
语法:设置溶剂<布尔>
RasMol的设置溶剂命令是用来控制RasMol的行为点命令。这取决于的价值溶剂参数,点命令生成一个范德瓦尔斯或溶剂acessible表面原子围绕当前选中的组。改变这个参数自动重置RasMol的价值半径参数。命令设置溶剂假,默认值,表明范德瓦尔斯表面应该生成和重置的价值半径为零。命令设置溶剂真表明“Connolly”或“理查兹的溶剂可及表面应该吸引并设置半径参数,溶剂半径,为1.2埃(或300 RasMol单位)。
集镜面
语法:设置高光<布尔>
RasMol的集镜面命令启用和禁用的高光显示由RasMol固体对象。高光显示为白色光源的反射表面的对象。当前RasMol实现使用一个近似函数来生成这个亮点。
固体表面上的高光对象可能被改变通过镜面反射系数,这是使用RasMol改变设置specpower命令。
设置SpecPower
语法:设置specpower{<价值>}的specpower参数确定固体物体的亮度由RasMol呈现。这个值在0和100之间调整使用的反射coeffient高光计算。高光是RasMol启用和禁用集镜面命令。值在20或30生产塑料表面。高值代表更闪亮的金属等表面,而较低的值产生更多分散/无聊的表面。
设置SSBonds
语法:集ssbonds骨干集ssbonds sidechain
RasMol的ssbonds参数确定二硫化物硫原子之间的桥梁是sidechain(默认)或α碳原子之间的半胱氨酸残基的支柱。二硫化物桥梁的实际显示的控制ssbonds命令。画二硫化物时α碳原子之间的桥梁是有用的其余部分蛋白质只有示意图表示如所示骨干,丝带或链。他的参数是类似于RasMolhbonds参数。
设置音响
命令。语法:设置立体音响了集合立体声<布尔>
RasMol的设置音响参数控制下左边和右边的图像之间的分离。打开和关闭音响不重新定位中心的分子。
命令立体声音响上。两种观点之间的分离角可能会调整的设置立体[-]<数字>命令,积极的价值观导致了轻松的查看和负观看。目前,立体观测向量PostScript输出文件不支持。
套链
语法:设置链{<价值>}RasMol的链参数控制并行链的数量显示在蛋白质的丝带表示。这个参数的容许值是1,2,3,4,5和9。默认值是5。链的数量是恒定的丝带被显示。然而,丝带的宽度(链)之间的分离可能是控制使用RasMol残留,残留的基础上丝带命令。
设置透明
语法:设置透明设置透明
RasMol的写gif <文件名>使一代的透明gif。这可能是由“设置透明”和“透明”的命令。
设置UnitCell
语法:设置unitcell <布尔>
RasMol的unitcell参数控制晶体晶胞的显示当前显示。水晶细胞只启用如果适当的晶体对称信息包含在PDB数据文件。RasMol命令显示对称显示的细节晶体的空间群和单元细胞轴。的设置unitcell命令类似的命令设置轴和设置boundbox显示正交分别协调轴和边界框。
设置VectPS
语法:设置vectps <布尔>
RasMol的vectps参数是使用RasMol控制的方式写向量PostScript命令生成输出文件。命令设置vectps允许使用黑色的轮廓在球体和圆柱体债券产生“卡通”高分辨率输出。然而,当前实现RasMol错误漫画领域交叉的多个其他领域。因此的球棍模型被不正确地呈现大spacefilling球体模型。卡通轮廓可以禁用默认的命令使vectps
组写
语法:设置写<布尔>
RasMol的组写命令启用和禁用)的使用保存和写在脚本中,但可能只是从命令行执行。默认情况下,这个值是假,禁止以任何脚本的生成文件执行启动(比如从WWW浏览器如马赛克或NetScape)。然而,动画师可能启动RasMol交互类型组写在然后执行一个脚本使用源命令生成每一帧。
原子表达式
RasMol原子表达式惟一地标识一个任意群内的原子分子。原子的表达式是由原始的表情,预定义的设置,比较运算符,在表达式或逻辑(布尔)的组合上述表达式类型。
逻辑运算符允许复杂的查询构造简单的使用标准的逻辑连接词和,或和不。这些可能是缩写的符号”&”、“|”、“!”,分别。括号(括号)可以用来改变优先级的操作符。为了方便起见,逗号也可能用于布尔脱节。
每个原子的原子表达式进行求值,因此蛋白质和支柱选择蛋白质bacbone原子,而不是蛋白质和(核酸)酸骨架原子!
例子:主干而不是螺旋在(8.0,ser70)(氢或异性)不*。铁和杂8、12、16、精神分裂症一般参数,他,赖氨酸
示例表达式
下表给出了一些有用的RasMol原子表达式的例子。
表达式解释*所有原子原子半胱氨酸半胱氨酸(hoh原子在水分子异构?原子在天冬酰胺或天冬氨酸残120 * 120原子的链* p原子链p * . ?氮原子半胱氨酸。sg硫原子的半胱氨酸残基ser70.c吗?碳原子在丝氨酸- 70哼哼* p。在血红素铁铁原子链P组
原始的表达式
RasMol原始表达式的基本构建块原子表达式。有两种类型的原始表达式。第一类型是用来确定一个给定的数字或范围的残留的数字。确定单个氨基酸残基的数量(在序列中的位置),并规定的上下界限范围由连字符分隔字符。例如选择5、6、7、8也选择5 - 8。注意,这个选择给定的残留物数量在所有高分子链。
第二种类型的原始表达式指定一个字段必须匹配序列对于一个给定的原子。第一部分指定残渣(或一组残留)和一个可选的第二部分指定了原子在这些残留物。第一部分由残留的名字,选择后跟残留的数字和/或链标识符。
残留的名字通常由3个字母字符,区分大小写。因此,原始表达式爵士和爵士是等价的,确定所有的丝氨酸残基。残留物包含中非字母数字字符的名称,如硫酸盐团体,可以使用方括号分隔。(SO4)
号码是那些残留的位置在大分子序列。负序数字是允许的。例如,SER70必须小心当指定残留的姓名和电话号码,集团在指定位置并不是指定的残留不选择原子。
链式标识符通常是一个不区分大小写的字母或数字字符。数字链标识符必须区分或残留数字由冒号分开。例如,SER70A或SER70:1
第二部分包括一段字符后跟一个原子的名字。atom名称可能多达4个字母或数字字符。
可以使用星号作为一个整体的通配符字段和一个问号作为单个字符的通配符。
比较运算符
部分的分子也可能是杰出的使用平等,不平等和排序操作符属性。这样的格式比较表达式是一个属性的名字,紧随其后的是一个比较运算符,然后一个整数值。
原子的属性可用于RasMolatomno的原子序号,elemno原子的原子序数(元素),resno剩余数量,半径RasMol spacefill半径的单位(或零如果没有表示为一个球体)温度PDB的各向异性温度的值。
相等操作符来标示=或= =。不平等操作符一样< >,! =,或/ =。订购运营商<不到,< =小于或等于,>大于,> =大于或等于。
例子:resno < 23温度> = 900 atomno = = 487
在表达式
一个RasMol在表达式允许原子选择在靠近另一组原子。一个在表达接受两个参数由一个逗号分开和括号包围。第一个参数是一个整数值的距离称为“截止”在表达和第二个参数是任何有效原子表达式。截止距离表示整数RasMol单位或埃包含一个小数点。选择一个原子如果截止距离内的原子由第二个参数定义的。这允许包含嵌套复杂表达式构造在表达式。
例如,命令选择在(3.2,骨干)选择任何原子的原子半径3.2埃内蛋白质或核酸骨架。在表达式是特别有用的选择原子在一个活跃的站点。
预定义的设置
RasMol原子表达式可以包含预定义的设置。这些集合是单身关键词表示的部分感兴趣的一个分子。预定义的设置通常缩写原始原子表达式和在某些情况下选择区域的一个分子,否则无法区别。下面的维恩图,请提供的库尔特·贾尔斯,总结了大多数的预定义的条款。的超链接列表当前预定义设置如下表图。除了设置列在这里,RasMol也将元素名称(和他们的复数)预定义的集包含所有原子的元素类型,即命令选择氧气相当于命令吗选择elemno = 8。
| 在 酸性 无环 脂肪族 α 氨基 芳香 骨干 基本 保税 埋 CG 带电 |
循环 胱氨酸 螺旋 异性恋的 氢 疏水 离子 大 配位体 媒介 中性 核酸 |
极地 蛋白质 嘌呤 嘧啶 选择 表 Sidechain 小 溶剂 表面 转 水 |
在设置
这组包含原子互补的核苷酸腺苷和胸苷(和T分别)。所有的核苷酸都分为一组在或一组cg这组相当于RasMol原子表达”一个t”和“核酸,而不是cg”
酸性组
酸性氨基酸的集合。这些残留物类型Asp和Glu。所有的氨基酸都分为酸性,基本或中性的。这组相当于RasMol原子表达”asp, glu”和“氨基酸,而不是(基本或中性)”
无环套
原子的集合在氨基酸不包含一个周期或戒指。所有的氨基酸都分为循环或非循环。这组相当于RasMol原子表达"氨基酸和不循环”
脂肪组
这组包含脂肪族氨基酸。这些氨基酸阿拉巴马州,g, Ile,亮氨酸和瓦尔。这组equiavlent RasMol原子表达”阿拉巴马州,g, ile,亮氨酸,瓦尔”
α集
蛋白质分子中α碳原子的集合。这组大约相当于RasMol原子表达"* .CA”这个命令不应被混淆与预定义的设置螺旋它包含原子的氨基酸蛋白质的α螺旋。
氨基酸组
这组包含所有氨基酸残基中包含的原子。这是用于区分蛋白质和核酸和异构分子原子在当前数据库。
芳香组
一组原子含有芳香环的氨基酸。这些氨基酸,板式换热器,Trp和酪氨酸。因为它们含有芳香环的这组所有成员的成员组预定义循环。这组相当于RasMol原子表达”他,板式换热器,trp,酪氨酸”和“循环,而不是职业”
骨干集
这组包含的四个原子每个氨基酸形成蛋白质的多肽N-C-C-O骨干,和原子磷酸糖核酸的支柱。使用RasMol预定义的设置蛋白质和核酸区分两种形式的骨干。原子在核酸和蛋白质骨干或sidechain。这组相当于RasMol表达”(蛋白质或核酸)而不是sidechain”
预定义的设置mainchain一组同义词吗骨干。
基本设置
的一组基本的氨基酸。这些残留物类型参数,他和赖氨酸。所有的氨基酸都分为酸性,基本或中性的。这组相当于RasMol原子表达”参数,他,赖氨酸”和“氨基酸,而不是(酸性或中性)”
结合组
这组包含的所有原子分子在当前数据库至少连着另一个原子。
埋设置
这组包含原子的氨基酸(喜欢)倾向于埋在蛋白质,远离接触溶剂分子。这组指的是氨基酸的偏好,而不是实际的溶剂acessibility当前蛋白质。所有的氨基酸都分为表面或埋葬。这组相当于RasMol原子表达"氨基酸,而不是表面”或“阿拉巴马州,亮氨酸,val, ile,板式换热器,半胱氨酸,见面的时候,trp”或“(疏水而不是职业)或半胱氨酸”。
CG集
这组包含原子在互补的核苷酸胞嘧啶核苷和guanoine分别(C和G)。所有的核苷酸都分为一组在或一组cg这组相当于RasMol原子表达”c、g”和“核酸,而不是在”
负责组
这组包含带电氨基酸。这些氨基酸酸性或基本的。被归类为氨基酸带电或中性的。这组相当于RasMol原子表达”酸性或碱性”和“氨基酸,而不是中立的”
循环组
氨基酸包含一个周期中原子的集合或戒指。所有的氨基酸都分为循环或非循环。这组由氨基酸,板式换热器,Pro, Trp和酪氨酸。预定义的成员芳香是这个集合的成员。唯一循环但non-aromatic氨基酸是脯氨酸。这组相当于RasMol原子表达”他,板式换热器,pro, trp,酪氨酸”和“芳香族或职业”和“氨基酸,而不是无环”
胱氨酸集
这组包含原子的半胱氨酸残基形成二硫桥的一部分,即半胱氨酸。RasMol自动确定二硫化物桥梁,如果没有预定义的设置胱氨酸还是RasMolssbonds命令已经使用自分子加载。自由半胱氨酸的设置可能决定使用RasMol原子表达"半胱氨酸和胱氨酸”
螺旋套
这个集合包含所有原子组成部分蛋白质的α螺旋由PDB文件作者或Kabsch和桑德DSSP算法。缺省情况下,RasMol使用二级结构的决心在PDB文件是否存在。否则,它使用DSSP RasMol所使用的算法结构命令。
这个预定义的设置不应被混淆与预定义的设置α其中包含蛋白质的α碳原子。
杂集
这组包含所有异构分子中原子的。这些都是描述的原子HETATM PDB文件中的条目。这些通常包含水、代数余子式和其他溶剂和配体。所有异性恋的原子被归类为配位体或溶剂原子。这些异构溶剂原子被进一步分为水或离子。
氢组
这个预定义设置包含所有的氢和氘原子的分子。这组预定义相当于RasMol原子表达"elemno = 1”
疏水套
这组包含所有的疏水性氨基酸。这些氨基酸阿拉巴马州,亮氨酸,Val, Ile, Pro,法和Trp会面。所有的氨基酸都分为疏水或极性的。这组相当于RasMol原子表达”阿拉巴马州,亮氨酸,val, ile pro,法,trp”和“氨基酸,而不是极”
离子组
这组包含所有异构分子磷酸和硫酸根离子在当前数据文件。大量的这些离子有时与蛋白质和核酸的结构由x射线晶体学。这些原子倾向于杂乱的图像。所有异性恋的原子被归类为配位体或溶剂原子。所有溶剂原子被归类为水或离子。
大型集
所有的氨基酸都分为小,媒介或大。这组相当于RasMol原子表达"氨基酸,而不是(中小)”
配体组
这组包含所有异构的代数余子式和配体根被包含在当前的分子数据文件。在这个集合的定义异性恋的原子不溶剂原子。因此这组相当于RasMol原子表达"异性恋而不是溶剂”
中设置
所有的氨基酸都分为小,媒介或大。这组相当于RasMol原子表达"氨基酸,而不是(大小)”或“瓦尔、刺、asp、asn pro,半胱氨酸”。
中性集
中性氨基酸的集合。所有的氨基酸都分为酸性,基本或中性的。这组相当于RasMol原子表达"氨基酸,而不是(酸性或碱性)”
核酸组
在核酸所有原子的集合,它由四核苷酸腺苷、胞嘧啶核苷、鸟苷和胸苷(A、C、G和T分别)。所有neucleotides分为嘌呤或嘧啶。这组相当于RasMol原子表达”a、c、g、t”和“嘌呤或嘧啶”
极地集
这组包含极性氨基酸。所有的氨基酸都分为疏水或极性的。这组相当于RasMol原子表达"氨基酸,而不是疏水”
蛋白质组
所有原子的集合的蛋白质。这包括RasMol预定义的设置氨基和常见的译后修改。
嘌呤组
嘌呤核苷酸的集合。这些基地腺苷和鸟嘌呤核苷(分别和G)。所有核苷酸要么是嘌呤或嘧啶。这组相当于RasMol原子表达”一个g”和“核酸,而嘌呤”
嘧啶组
嘧啶核苷酸的集合。这些基地胞嘧啶核苷和胸苷(C和T分别)。所有核苷酸要么是嘌呤或嘧啶。这组相当于RasMol原子表达”c、t”和“核酸,而不是嘧啶”
选择设置
这组包含原子的集合在当前选中的地区。当前选中的地区由前面的定义选择或限制包含命令而不是原子表达式选择关键字。
表设置
这个集合包含所有原子形成的一部分蛋白质β片由PDB文件作者或Kabsch和桑德DSSP算法。缺省情况下,RasMol使用二级结构的决心在PDB文件是否存在。否则,它使用DSSP RasMol所使用的算法结构命令。
Sidechain集
这组包含的功能sidechains任何氨基酸和每个核苷酸的基础。这些原子不是多肽的一部分N-C-C-O骨干的蛋白质或核酸的糖磷酸支柱。使用RasMol预定义的设置蛋白质和核酸区分sidechain的两种形式。原子在核酸和蛋白质骨干或sidechain。这组相当于RasMol表达”(蛋白质或核酸)和支柱”
小集
所有的氨基酸都分为小,媒介或大。这组相当于RasMol原子表达"氨基酸,而不是(中型或大型)”或“阿拉巴马州,g,爵士”。
溶剂组
这组包含溶剂分子中原子协调文件。这些水分子异构、磷酸盐和硫酸盐离子。所有异性恋的原子被归类为配位体或溶剂原子。所有溶剂原子被归类为水或离子。这组相当于RasMol原子表达”异性恋而不是配体”和“水或离子”
表面设置
这组包含原子在这些氨基酸(喜欢)表面的蛋白质,与溶剂分子。这组指的是氨基酸的偏好,而不是实际的当前蛋白质溶剂可及性。所有的氨基酸都分为表面或埋葬。这组相当于RasMol原子表达"氨基酸,而不是埋葬”或“通用电气,对丝氨酸,苏氨酸,赖氨酸,asp, asn, glu, pro,参数,gln,酪氨酸,他”或“(极而不是半胱氨酸)或职业”。
把设置
这个集合包含所有原子形成蛋白质的一部分将由PDB文件作者或Kabsch和桑德DSSP算法。缺省情况下,RasMol使用二级结构的决心在PDB文件是否存在。否则,它使用DSSP RasMol所使用的算法结构命令。
水套
这组包含所有异构的水分子在当前数据库中。大量的水分子有时与蛋白质和核酸的结构由x射线晶体学。这些原子倾向于杂乱的图像。所有异性恋的原子被归类为配位体或溶剂原子。的溶剂原子被进一步分为水或离子。
颜色和配色方案
RasMol的颜色命令允许不同的对象(如原子,债券和丝带段)得到指定颜色。通常这种颜色是RasMol预定义的颜色名称或RGB三倍。此外RasMol还支持:
下面列出了当前预定义的颜色名称与对应的RGB值。
RASMOL HTML名称*黑色(0,0,0)00 00 00白色[255255255]FF FF FF蓝色[0,0255]00 00 FF绿色(0255,0)00 FF 00红色(255,0,0)FF 00 00黄色(255255,0)FF FF 00红色(255、0255)FF 00 FF青色[0255255]00 FF FF橙色(255165,0)FF A5 00 redorange (255、69、0] FF 45 00紫[238130238]EE 82 EE紫色(160、32240)A0 20 F0 greenblue (46139、87) 2 e 8 b 57 * RGB =红、绿、蓝。十进制值给出分配颜色RasMol '颜色'命令。十六进制是在HTML匹配文本的颜色,例如<字体颜色= " # 8 f8fff " & >氮> < /字体,看起来像这样:氮。
这是肌酸磷酸激酶的颜色钥匙作为HTML表可以被使用,例如,旁边一个一致显示:
| CHON年代 |
请点击这里查看肌酸磷酸激酶颜色键。你可以查看源代码,然后剪切和粘贴HTML代码到您的文档。
如果你经常要使用一种颜色没有预定义的,您可以编写一个单行脚本。举个例子,如果你的文件grey.spt包含行
颜色[180180180]#灰色
然后命令脚本grey.spt颜色当前选中的原子灰。(或者你可以颜色灰色。:-)
氨基酸的颜色
RasMol的氨基色系颜色氨基酸根据传统氨基酸属性。着色的目的是识别氨基酸在一个不寻常的或令人惊讶的环境。外的部分蛋白质,极是可见的(明亮)颜色和非极性残留更深。大部分的颜色是神圣的传统。类似于这种颜色方案有条理的计划。
验证对2.6源代码99/03/13 ASP, GLU亮红色(230、10、10)E6 0 0赖氨酸,ARG蓝色[90255]14 5 FF板式换热器,酪氨酸淡蓝的[50170]32 32 AA g浅灰色[235235235]EB EB EB ALA深灰色[200200200]C8 C8 C8他淡蓝色[130130210]82 82 D2半胱氨酸,遇到黄(230230,0)E6 E6 00 SER,用力推橙色(250150,0)FA 96 00 ASN, GLN青色[0220220]00 DC直流低浓缩铀,VAL, ILE绿色[15]15130年0 f 82 0 f TRP粉色(180、90180)5 B4 B4 PRO, PCA,忧郁肉[220150130]直流96 82
链的颜色
RasMol的链色彩方案分配每个大分子链中一个独特的颜色。这对于区分色彩方案是特别有用的部分multimeric结构或个人“链”的DNA链。
肌酸磷酸激酶的颜色
RasMol的肌酸磷酸激酶颜色方案是基于流行的颜色塑料spacefilling模型由科里,鲍林,后来通过Koltun改进。这个色系的颜色“原子”对象的原子(元素)类型。这是该计划化学家所使用的传统。元素类型的分配颜色下面。
(下面的信息是基于RasMol的源代码和2月19日,1998年,这里被认为是完整和正确的第一次。)
元素颜色名称RGB十进制RGB十六进制碳浅灰色[200200200]C8 C8 C8氧气红色(240,0,0)F0 00 00白色[255255255]FF FF FF氮氢浅蓝色[143143255]8 8 F FF硫硫黄(255200年,50)FF C8 32氯,绿色(0255,0)00 FF 00硼磷、铁、钡橙色(255165,0)FF A5 00蓝色[0,0255]00 00 FF钠镁森林绿(34139年,34)22 8 b 22锌、铜、镍、Br布朗[165年,42岁的42]A5 2 2 Ca,锰、铝、钛、铬、Ag深灰色[128128144]80 80 90 F, Si,非盟秋麒麟草(218165年,32)DA A5 20碘紫色(160,32.240)A0 20 F0锂耐火砖(178年,34岁,34)B2 22 22氦粉红色[255192203]FF C0 CB未知深粉色(255、20147)FF 14 93
组颜色
RasMol的集团色系颜色代码残留在大分子链的位置。每个链都画为一个平滑的谱从蓝色到绿色,黄色和橙色,红色。蛋白质的N末端的蓝色(类似于氮的肌酸磷酸激酶的颜色)和C末端,红色(类似于氧气的肌酸磷酸激酶的颜色)。5 '末端的核酸的蓝色,和3 '末端,红色。
如果链大量异构分子与之关联,高分子可能不全面的频谱。当RasMol执行集团色素决定颜色它使用的范围从残渣编号在PDB文件。因此最低数量显示在蓝色和最高残留的号码是显示为红色。不幸的是,如果一个PDB文件包含大量hetatoms,比如水分子,占据高残留数据,显示蛋白质在光谱的蓝端和水域的橙色系的光谱。这是aggrevated通常比氨基酸残基被更多的水分子。此问题的解决方案是使用命令集杂了在应用组之前的颜色方案。这也可以通过切换杂原子在选项之前的菜单选择集团在颜色菜单。这个命令指示RasMol只使用non-hetero残留组中的颜色比例。
有条理的颜色
RasMol的有条理的色系颜色编码氨基酸残留的财产。这个计划是基于鲍勃Fletterick是“有条理的模型”。每个氨基酸和核酸残渣是给定一个独特的颜色。的有条理的颜色方案是由大卫·培根的Raster3D程序使用。类似于这种颜色方案氨基色彩方案。
结构色
(纠正对2.6源代码99/03/13——螺旋和负债表rgb值是不正确的在这个日期之前。)RasMol的结构色系颜色的分子蛋白质二级结构。α螺旋的洋红色,(255、0128),β表色黄、(255200,0),颜色是淡蓝色,[96128255]和其他所有残留的是白色。二级结构是从PDB文件中读取(螺旋和表记录),如果可用,或者使用Kabsch和桑德的DSSP算法决定。RasMol的结构命令可用于力DSSP结构赋值使用。
温度的颜色
RasMol的温度色系颜色编码每个原子根据各向异性温度(β)值存储在PDB文件中。通常这样的流动/给定原子的位置的不确定性。高值彩色在温暖的颜色(红色)和较低的值在寒冷(蓝色)的颜色。这个功能通常用于关联“规模”价值(如氨基酸变异病毒突变体)与每个原子PDB文件,和颜色适当的分子。
之间的差异温度和负责配色方案是增加温度值进行从蓝色到红色,而增加电荷valuse从红色到蓝色。
电荷的颜色
RasMol的负责色系颜色代码显示每个原子电荷值存储在输入文件(或β因子场的PDB文件)。高值的蓝色的颜色(正面)和较低的值用红色(负)。而不是使用一个固定的规模这个方案确定的最大和最小值/温度场和篡改适当从红色到蓝色。因此,绿色不能被认为是“不净电荷的电荷。
之间的差异负责和温度配色方案是增加温度值进行从蓝色到红色,而增加电荷valuse从红色到蓝色。
如果电荷/温度场商店可以使用RasMol合理值颜色的点可能命令生成的一个点表面(颜色代码点通过静电势命令)。
用户的颜色
RasMol的用户色彩方案允许RasMol使用存储在PDB文件的色彩方案。每个原子存储在科罗拉多州的颜色记录放置在PDB数据文件。介绍了本公约由大卫·培根Raster3D项目。
如果你想使用一个自定义的着色方案,它通常更简单的构造了一段简短的脚本完成这比将值插入到PDB文件。脚本也有一个好处,那就是它可以调用任何当前显示分子。一个例子这样的一个脚本。
HBond类型的颜色
RasMol的类型色彩方案仅适用于氢键,因此用于命令“颜色hbonds类型“这方案颜色编码每个氢键根据距离沿着蛋白质链之间的氢键供体和受体。介绍了这种示意图表示Belhadj-Mostefa和Milner-White。这代表了一个很好的洞察蛋白质二级结构(hbonds形成α螺旋出现红色,那些形成表出现黄色和形成将出现红色)。
抵消颜色三+ 2白色[255255255]+ 3红色(255、0255)+ 4红橙色(255,0,0)+ 5(255165,0)3青色[0255255]4绿色(0255,0)默认黄色(255255 0)
潜在的颜色
RasMol的潜在的色彩方案仅适用于点表面,因此用于命令“颜色的点可能“目前这个方案颜色每个显示点的静电势在太空。这种潜在的计算使用库仑定律的温度/电荷场输入文件的收取assocated原子。这是使用的相同的解释颜色收费命令。就像负责色彩方案低值是蓝色/白色和高值是红色的。下表显示的是静态分配的色彩使用介电常数的值10。
25 V <红色(255,0,0)10 < V < 25橙色(255165,0)3 < V < 10黄色(255255,0)0 V < < 3绿色(0255,0)3 < V < 0青色[0255255]-10 < <蓝色[0,0255]-25 < V < -10紫色(160、32240)< -25白色[255255255]
修订历史
- 99/03/13:纠正拼写的Koltun肌酸磷酸激酶(K)。纠正结构色rgb值相比之下,源代码。核对氨基颜色和源代码,但不需要修正。
- 98/08/10:添加维恩图解预定义的条款由库尔特。贾尔斯贡献的。
- 98/04/26:添加的定义中,小(从大),埋葬,表面预定义的条款通过考试获得的源代码。准备一个单独的介绍选择表达式,根据有关选择命令。
- 98/03/23:段落开头添加链接到原始的参考手册,和重组前的部分表的内容。
- 98/02/28:提供更详细的描述板和设置slabmode命令。
- 98/02/19:添加了vectps可以选择的写命令。提供链接的讨论高分辨率印刷在FAQ写和打印命令。完成的表格肌酸磷酸激酶RasMol所使用的颜色分配,增加了一个颜色的GIF图像说明。
- 97/07/25:添加了一些失踪的RGB值肌酸磷酸激酶配色方案,也样品颜色键在HTML表。
- 97/07/04:添加十六进制氨基酸和预定义的颜色的RGB值。
- 97/06/29:添加的RGB值肌酸磷酸激酶配色方案在十进制和hexidecimal。
- 97/03/16:扩展的部分组色系解释的使用集杂了控制颜色的光谱。也纠正了颜色给蛋白质的结束,inadvertantly逆转的参考手册。
- 96/09/02:添加新的部分跟踪命令,修改骨干相应的行动。添加破折号选择骨干、线和线框的命令。添加的部分集合债券。添加更多的细节关于使用暂停其中包括同义等待。添加的部分集合债券。索引的部分组写下集(它inadvertantly被省略)。固定格式不正确的“消失”“<文件名>”的实例。新增的部分退出现在不同于辞职。
- 从rasman26 96/08/14:文件名更改。htm,rasman.htm所以链接仍将是无关的。小错误和格式的变化。
- 96/08/13:更新介绍并添加一般操作部分,从html参考手册与2.5版本绑定。这些修改将他们带入符合2.6 beta 2版本在html源代码(见注释)。
