有各种各样的分子图形程序可用,可以免费获得。总的来说IUMSC试图支持这些公共域包可以阅读的格式。注意,许多项目被称为限制他们如何可以使用(即禁止商业用途),和许多要求你注册作者。请尊重作者的意愿!

XMView编写本地Unix应用程序将生成出版质量的分子图形。可用于Linux (Red Hat分布)和SGI工作站、程序的约翰·n·霍夫曼AVL的工作。例子

JaMM的当前版本是2.1。最初由约翰·n·霍夫曼的AVL,当前版本几乎所有新代码写的约翰·c·Bollinger IUMSC。

ORTEP(橡树岭热椭球阴谋计划)三十多年后仍然使用。

RasMol是其中一个最强大的程序,和用于各种平台(Windows、Unix Macintosh)。RasMol的一致是一个插件版本允许用户自动视图.pdb文件。而将满足大多数用户的需要,协调的力量和多功能性RasMol让它不可或缺的工具对于那些想要详细考察分子结构。以下链接将帮助你获得RasMol和一致。

• 北美RasMol主页。由大学的Eric Martz维护质量。
• RasMol手册。如何使用RasMol(本地版本)。

有必要创建一个特殊的“obj”输入文件来描述所需的多面体。有关详细说明,请参见Rotate3D页面。