杰里米·约瑟夫·杨,博士学位

	杰里米·约瑟夫·杨,博士学位研究助理教授新墨西哥大学,SoM、DoIM转化信息部门 \|LinkedIn\|ORCID\|体内\|变焦:个人~在野势力的~国际单位
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生物

研究副教授新墨西哥大学医学院的,内科,转化信息部门。集中在生物医学和生物分子数据科学、cheminformatics和生物信息学。项目包括照亮了制药基因组(IDG),DrugCentral和共同基金数据生态系统。过去的项目包括Badapple,卡尔斯巴德和吟游诗人,数据共享和信息支持UNMCMD。看到我们的公共网络应用,其中一些我开发和维护。

自2022年以来,兼职教授。博士,信息学(论文:“证据评价生物医学知识图表制药发现”,2022),建议教授David野生,他是综合数据科学实验室(IDSL)和危机技术创新实验室在雷竞技官方网站下载印第安纳大学信息学院的计算和工程。生命科学信息学的副总裁Data2Discovery,IU分拆公司创办的大卫野生和应叮。

出版物:

自吞噬黑暗的基因:我们能找到他们与机器学习?Ranjbar, et al .,自然科学,2023。
2023年灯塔:一个集成的资源替代人类蛋白质组凯莱赫,et al .,核酸的研究,2023年。
DrugCentral 2023扩展了人类的临床数据和集成了兽药阿夫拉姆,et al .,核酸的研究,2023年。
知识图谱分析平台的距离和IDG帕金森病目标照明杨,et al ., BMC生物信息学,2022年。
开始使用IDG KMC数据集和工具Kropiwnicki et al .,当前的协议,2022年。
TIGA:目标照明GWAS分析杨,et al ., 2021年生物信息学。
一个机器学习的平台来估计anti-SARS-CoV-2活动,登顶et al .,自然机器智能,2021。
分析知识实体使用entitymetrics COVID-19,et al ., 126年科学计量学卷,2021年。
TCRD和2021年灯塔:挖掘人类疾病生物蛋白质组,t . Sheils et al .,核酸的研究,2020年。
edge2vec:学习使用边缘语义表示生物医学知识发现郑高et al, BMC生物信息学,2019年。
DrugCentral 2018:一个更新o . Ursu et al .,核酸的研究,2018年。
在人类基因组中未知的治疗机会,T.I.电脑et al .,自然评论药盘,2018年。
“是否FedSPARQL:一个基于网络平台的集成和探索生物信息学数据集”Djokic-Petrovic et al ., J生物医学语义,2017。
形式化的药物适应症的道路上的治疗目的地中海,SJ纳尔逊等。,J通知协会,2017。
TIN-X:目标重要性和新奇的探险家特区大炮et al ., 2017年生物信息学。
Badapple:滥交模式从嘈杂的证据杨,J.J. et al ., j . Cheminfo。,2016年。
新颖的表型结果确定公共收藏的批准药物化验的公开访问面板j·李,et al,《公共科学图书馆•综合》,2015年版。
生物测定研究数据库(诗人):化学生物学和probe-development通过结构化元数据和结果类型,电子艺界豪et al .,核酸,2015。
卡尔斯巴德数据库:数据库的化学生物活性不言而喻,S.L. Mathias et al .,数据库,2013。
分析和过滤的一个非常大的图书馆化合物对结核分枝杆菌的筛选,郑伊健et al .,摩尔。BioSyst。,2010年。

谈判:

知识图谱分析平台结合的距离和IDG药物目标照明ISMB-ECCB生物信息学开源发布会上提出,(BOSC2021), 2021年7月25 - 30日。
与Python API-tizer DrugCentralDb BioClients: Dockerized PostgreSql(视频),新科技时代,2020年6月4日。
照亮了制药基因组与知识工程和机器学习,14年NMBIST研讨会综合组学,2019年3月14日至15日。
Bibliological数据科学和药物发现ACS国家会议在费城,2016年8月21日。
语言多样性的计算,新墨西哥大学生物医学信息研讨会系列,10月15日,2015年。
分子支架是特殊的和发现的有用指南ACS国家会议,2013年9月8日在印第安纳波利斯。
吟游诗人的BADAPPLE滥交插件:循证性乱交的分数2013年,ACS国家会议,9月9日,在印第安纳波利斯。
我怎么组织蛋白质数据库时我甚至不能组织我的通讯录吗?CINF Flash会话,ACS国家会议,2012年3月25日圣地亚哥CA。
Cheminformatics软件开发案例研究,客人讲座通过网络直播SOIC I571“化学信息技术”类10月24日,2011年。
应用生物运算新墨西哥大学的计算机,天,2010年4月22日。

海报:

TIGA:目标照明GWAS分析IDG年会,2021年2月9 - 11。
矿业ClinicalTrials.gov通过CTTI AACT药物目标假设IDG F2F会议,弗吉尼亚州的阿灵顿市,2020年2月。
与REST API TIN-X v2:现代化建筑可持续性和互操作性IDG年会,弗吉尼亚州的阿灵顿市,2019年3月。
Exfiles:性别基因表达谱的探险家、2018年NIH科学用例数据共享试点项目财团(DCPPC)。
Badapple:滥交模式从嘈杂的证据(海报在野势力的员工研究世博会,1月27日,2017年)。
开放的表型药物发现的资源,打开PHACTS:链接生命科学数据,2月18日至19日,2016年,奥地利的维也纳。
发展在新墨西哥大学中心的分子筛查信息系统发现ACS国家会议,2012年3月26日,圣地亚哥,CA。
卡尔斯巴德:不言而喻注释研究小分子生物活性数据的库,OpenEye杯会议,圣达菲,2012 NM,。
新墨西哥大学生物运算分工公共web应用程序:计算工具cheminformatics和分子的发现,ChemAxon我们用户组会议,波士顿,2010年9月13日至15日。
表示:常规测量激起疑虑第230届全国ACS会议,华盛顿特区,2005年。
在cheminformatics规范化的系统命名法第229届全国ACS会议,圣地亚哥,2005年。

教学领域:

独立研究在生物医学科学数据

项目模板可在生物信息学、cheminformatics、系统生物学等领域。
作为BIOM505(生物医学科学专题:“印第安纳州研究生物医学数据科学”)的更多信息:ISBDS课程主页。

在野势力:BIOMED_505”,介绍生物运算”。生物信息学、cheminformatics计算结构和基于配体的药物发现通过网上社区信息资源和方法,这个在线研究生课程,2007 - 2019。我2008 - 2019年担任课程协调员,职责包括指令、深思熟虑,课程维护和更新和软件支持。
国际单位:info_i - 590”,主题信息:数据科学药物发现,健康和转化医学”:这种创新数据科学课程教授介绍了野生教授在2013年和2017年更新Joanne卢西亚诺,JT Wolohan的帮助下和自己是助理教练。
国际单位:info_i - 590”,应用数据科学”:经典的数据科学工作流框架理解如何应用数据的角力,语义,在现实的场景中机器学习和其它技能。协助下由乔安妮卢西亚诺教授在2017年,特里Wolohan, Kaicheng杨,自己是助理教练。
国际单位:info_i - 590,“真实世界数据科学”。由教授,教授卢西亚诺,莎拉毕格罗和行业伙伴,与礼来公司合作,消除识别信息的临床试验数据,运用分析工具KNIME和画面。副讲师,2018年春季。

杂项:

链接
一些公开的软件:
- BioClients (GitHub|PyPI)——生物医学api来访问Python包。
- RDKit-Tools (GitHub|PyPI)——与RDKit Python包的工具使用。
- CFChemDb (GitHub)——CFDE化学数据库和开发系统
- Badapple (GitHub)——生物测定数据关联滥交预测学习引擎。

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