Haixu唐博士

教授信息和计算
主任数据科学学术项目
兼职教授生物学

办公室:2060年Luddy大厅

电话:(812)856 - 1859
传真:(812)856 - 4764
电子邮件:hatang(在)indiana.edu

实验室:计算组学实验室(COL)

布卢明顿大学生物信息学课程

邮寄地址:

Luddy学院信息学、计算和工程
n .据大街700号
布卢明顿,47408年

Educaltional背景:

生物化学博士学位,中国科学院上海生物化学研究所。
物理学学士学位,物理学系,南京大学,中国。

主要研究方向:

生物信息学算法和统计问题,特别是在

教学领域:

2004年秋季
I602:
顶石生物信息学硕士项目的学生

2005年春季
I590: 主题在信息学:基因组学概论(non-biology学生)

2006年秋季
I519: 生物信息学概论

2006年春季
I690: 计算技术在比较基因组学
I627: 在生物信息学研讨会

2006年秋季
I617: 生命科学和化学信息学

2007年春季
I529: 生物序列分析

2007年秋季
I690: 高级算法在生物信息学

2008年春季
I529: 生物序列分析

2008年秋季
I201: 数学基础信息

  1. NSF早期职业发展(职业)奖,2007年。
  2. 雷竞技官方网站下载印第安纳大学优秀青年教师奖,2009年。
  3. 隐私增强技术(PET)奖,2011年。
  4. RECOMB时间的考验奖,2013年。

书和书的章节

  1. h . Tang流感病毒从动物到人类如何?pp148 - 164,在“生物学家生物信息学”,p . a . Pevzner和r·沙米尔(Eds),剑桥大学出版社,2011年。亚马逊
  2. 金,h . Tang和e .理智型。基因组测序技术和算法,Artech房子出版商(2007)。亚马逊
  3. h . Tang和美国金,生物信息学:挖掘大量数据从高通量基因组学实验,pp1-24,生物数据分析:软计算方法由她Bandyopadhyay编辑,放进Maulik和杰森·t·l·王,世界科学出版社(2007)。
  4. y和h唐,动态规划算法的序列和结构比较,pp9-28,生物信息学算法:技术和应用程序由离子Mandoiu和亚历山大Zelikovsky编辑,威利出版社(2008)。

最近的出版物:

  1. y赵、王x和h .唐(2015),安全通过site-wise基因组计算计算,进行美国医学信息学协会(AMIA)联合峰会,旧金山,在出版社。
  2. 江y赵,x, x, Lucila Ohno-Machado和h唐(2014),选择盲目但明智:私人征集不同的DNA数据集疾病标志物的发现,j .美国医学信息学协会,在出版社。Pubmed
  3. 一个社区的评估人类基因组的隐私保护技术。BMC医学信息和决策,14:S1。Pubmed
  4. 胡锦涛Y。,S. Zhou, C. Yu, H. Tang and Y. Mechref (2014), Automated annotation and quantitation of glycans by liquid chromatography/electrospray ionization mass spectrometric analysis using the MultiGlycan-ESI computational tool, Rapid Commun. Mass Spectrom., 29:135-142.Pubmed
  5. 大肠的歌,a . Mayampurath c, h . Tang和y Mechref (2014), Glycoproteomics:识别前列腺特异性抗原在正常和高糖基化的等电点质/ MS, j .蛋白质组Res, 13:5570 - 5580。Pubmed
  6. w·m·伊斯梅尔y你们和h唐(2014),基因发现metatranscriptomic序列。继续RECOMB卫星DNA测序研讨会(RECOMB-seq发表在BMC生物信息学作为一种特殊的问题),15 (9):S8。Pubmed
  7. a . Mayampurath大肠的歌,a . Mathur c . Yu y Mechref, h .唐(2014),Label-free糖肽量化在人类血清生物标志物的发现,j .蛋白质组Res, DOI: 10.1021 / pr500242m 11:4821 - 4832。Pubmed
  8. t·布莱文斯,f . Pontvianne r . Cocklin r . Podicheti c . Chandrasekhara s Yerneni c·布劳恩b·李,d . Rusch k . Mockaitis h . Tang和c . s . Pikaard(2014),一个两步的过程在拟南芥基因遗传,分子细胞,54 (1):30-42。Pubmed
  9. h·李,e . Popodi p·福斯特和h .唐(2014),检测结构变体涉及重复的参考基因组区域。计算生物学杂志》21 (3):219 - 233。Pubmed
  10. a . h . Tang Mayampurath、c . Yu和y Mechref(2014)生物信息学协议在作者和glycoproteomics。当前的协议在蛋白质科学,男童。Pubmed
  11. A . Mayampurath c, e .歌曲,j·巴兰,y Mechref和h唐(2014),计算框架完整糖肤的识别在复杂样品,肛门。化学,86:453-463.Pubmed
  12. m·p·彼得森k . a . Rosvall c·a·泰勒,j·a·洛佩兹黄永发。j·k·崔c . Ziegenfus h . Tang Colbourne和e·d·Ketterson(2014),潜在的冲突性评估通过testosterone-mediated转录songbird的肝脏和肌肉的变化。j . Exp。生物217:507 - 517。Pubmed
  13. e·l·l·雪p . Wang Wang Renzi, p . Radivojac h . Tang r·阿诺德·j·k·朱,和w·a·道(2013),响应渗透压力法定量测量组织磷酸化蛋白质组拟南芥基于Library-Assisted提取离子色谱(LAXIC)。分子和细胞蛋白质组学,12:2354 - 2369。Pubmed
  14. n . Leymarie p . j .格里芬k . Jonscher d . Kolarich r·奥兰多·m·麦库姆j .扎亚j . Aguilan w . r .小巷,f•阿尔特曼l . e .球,l . Basumallick c . r . Bazemore-Walker h . Behnken m·a .空白k·j·布朗,s . Bunz c . w .开罗,j . f . Cipollo r . Daneshfar h . Desaire r·r·德雷克e p, r .高盛,c·格鲁伯a .哈利姆y Hathout, d . m .角p . j . Hensbergen称,重要的d·胡拉姆w .注射g·拉尔森,m . Ly b·f·曼k .马克思,y Mechref, b . Meyer Moginger, c . Neususs j·尼尔森,m . v . Novotny j . o . Nyalwidhe n . h·帕克·Pompach锐志,a . Resemann j . s . Rohrer a . Ruthenbeck m .散打j·m·舒尔茨Schweiger-Hufnagel, c . Sihlbom大肠的歌,g . o .主食,d . Suckau h . Tang m . Thaysen-Andersen r . i Viner y, l . Valmu义朗,m·沃森m .迎风r . Whittal m . Wuhrer y朱镕基和c .邹(2013),多个实验室的研究蛋白质糖基化的微分分析质谱:ABRF糖蛋白研究多机构研究2012。摩尔细胞蛋白质组学,12:2935 - 2951。Pubmed
  15. s, r·j·阿诺德·h . Tang和p . Radivojac(2013),由监督改善猎枪此处则识别蛋白质组学筛选peptide-spectrum匹配。《生物信息学国际会议上,计算生物学和生物医学信息学(ACMBCB), ACM, 2013年。Pubmed
  16. d .焦,y和h唐(2013),概率推理的生化反应在微生物群落的宏基因组序列。PLoS计算生物学,9 (3):e1002981。Pubmed
  17. p·l·福斯特,a·j·汉森·h·李,e . m . Popodi和h .唐(2013),在细菌基因组的突变拓扑。G3: | |基因组的基因遗传学3 (3):399 - 407。Pubmed
  18. 严p S d·f·b·米勒,A . Buechlein b·罗德里格斯,A . S Yilmaz高尔,h·林,b . Collins-Burow l . V罗兹,c·布劳恩S Pradeep r . Rupaimoole m . Dalkilic A . k . Sood m . e . Burow h . Tang t·h·黄y . Liu d . b . Rusch和k . p .侄子(2013),一个新的方法链全转录组RNA-seq, 63 (2): 126 - 134。Pubmed
  19. 胡y, y Mechref j·l·Desantos-Garcia a·侯赛因和h .唐(2013),定量作者策略,分子和细胞蛋白质组学,12 (4):874 - 884。Pubmed
  20. 16。问:张先生,m .ρ,h . Tang t . g . Doak你们(2013),y CRISPR-Cas系统目标收集不同的入侵移动遗传元素在人类微生物组、基因组生物学14 (4):R40。Pubmed
  21. c, a . Mayampurath y,周,y Mechref,和h唐(2013),自动注释和量化的聚糖使用液相色谱-光谱法,生物信息学29 (13):1706 - 1707。Pubmed
  22. m·p·彼得森k . a . Rosvall崔j . h . c . Ziegenfus h . Tang j . k . Colbourne e·d·帕特森(2013),睾丸激素影响神经基因表达不同的男性和女性的灯芯草雀:性别上同种二形性作用激素的协调和冲突,8 (4):e61784 PLoS ONE。Pubmed
  23. a . c . Yu Mayampurath和h唐(2013),多糖分析的软件工具。方法在分子生物学、951:269 - 276。Pubmed
  24. c .霁r·阿诺德·h . Tang和p . Radivojac(2013)扩展光谱库的报道:neighbor-based方法预测肽碎片光谱强度,蛋白质组学,13:756 - 765。Pubmed
  25. h·李,e . Popodi h . Tang和p·福斯特(2012),自发突变的速率和分子光谱的细菌,大肠杆菌,由全基因组测序,Proc。国家的。学会科学。,109(41):E2774-E2783.Pubmed
  26. m P彼得森,d J维特克,s . Ambreth s Sureshchandra a . Buechlein r . Podicheti崔J . k . Mockatis z Lai J . Colbourne h . Tang和e . d . Ketterson(2012)在songbird新创转录组测序,黑眼睛的灯芯草雀(灯芯草雀hyemalis):基因组生态模型系统的工具。13:305。Pubmed
  27. 明捷王,你们房,Haixu唐(2012)。j . Comp。杂志。,19(6):814-825.Pubmed
  28. i . Mitra z壮族,y, z . t .哈穆德,c . y . Yu h . Tang y Mechref s c·雅各布森,N-Glycan分析由微芯片电泳区分疾病与食管腺癌有关。肛交。化学84 (8):3621 - 3617。Pubmed
  29. h·李和h .唐(2012),下一代测序技术和片段组装算法,分子生物学方法,855 (2):155 - 174。Pubmed
  30. 问:盛,j .戴y . Wu h . Tang和r .曾庆红(2012),BuildSummary:使用组的方法改善多肽/蛋白质识别的敏感性猎枪蛋白质组学,j .蛋白质组再保险。11 (3):1494 - 1502。Pubmed
  31. a . T .Wierzbicki r . Cocklin a . Mayampurath r·李斯特·m·j·罗利b·d·格雷戈里·j·r·艾克尔h . Tang和c . s . Pikaard(2012),空间和功能之间的关系波尔的v基因座,波尔IV-dependent siRNAs,和表观基因组胞嘧啶甲基化在拟南芥中,基因和开发26 (16):1825 - 1836。Pubmed,评论基因与发展,评论《自然结构和分子生物学,在自然遗传学评论评论
  32. y, r·阿诺德·p·唐Radivojac和h(2012),蛋白质识别问题从贝叶斯的角度来看,统计数据及其接口,5:21-37。在线
  33. t·h . m .ρ,y . Wu Tang Doak y你们(2012),不同CRISPRs进化人类微生物组,《公共科学图书馆遗传学、8 (6):e1002441。Pubmed
  34. y赵,你们h . Tang和y (2012) RAPSearch2:快速节省内存和蛋白质为下一代测序数据相似性搜索工具。生物信息学,28 (1):125 - 126。Pubmed
  35. 王x和y, b . Peng h .唐(2012),大规模的保护隐私的映射人类基因组序列混合云,19进行网络和分布式系统安全座谈会(nds的12)在线
  36. s . Lee m . Kwon h·李,y沉重的一击,h . Tang j·k·李和t .公园(2011)增强肽量化使用光谱计算集群和集群丰富,BMC生物信息学,12:423。Pubmed
  37. h·l . x Lai Wang唐宋f.a.h ayek Witzmann(2011)小说对齐方法和多个过滤器排除不合格的肽增强Label-Free量化使用肽强度质/女士,蛋白质组研究期刊》的研究,10:4799 - 4812。Pubmed
  38. y, j . Choi和h唐(2011)RAPSearch:快速读取蛋白质相似搜索工具短,12:159 BMC生物信息学。Pubmed
  39. a . Mayampurath c . Yu和h .唐(2011),生物信息学方法作者glycoproteomics,当前蛋白质组学,8 (4):309 - 324。在线
  40. a . Mayampurath y, z . m . Segu y Mechref和h .唐(2011)提高信心的检测和表征蛋白质N-glycosylation网站和微观不均一性,质谱的快速通信,25:2007 - 2019。Pubmed
  41. 周x、b .彭陈y, y . f . Li h . Tang和x王(2011)发布还是不释放:评估信息泄漏总基因组数据,美国16日欧洲研究在计算机安全会议上(ESORICS 11),课堂讲稿在计算机科学中,6879:607 - 627。信号
  42. 水蚤基因团(2011),广阔的基因组的水蚤pulex依赖环境基因调控,科学,(6017):555 - 561。科学在线,科学评论
  43. l . Cherbas a .威林汉d, l .杨邹y, b . d . Eads j·w·卡尔森j . m . Landolin p . Kapranov j .杜a . Samsonova黄永发。崔j .罗伯特c。a . Davis h . Tang m . j . van压印垫板,s . Ghosh a·多布林k . Bell w·林,l·兰顿·m·o·达夫a . e . Tenney c·扎尔斯基·m·r·布伦特·r·a·斯·t·c·考夫曼j·安德鲁斯,b . r . Graveley n . Perrimon s e . Celniker t·r·Gingeras和p . Cherbas(2011)的转录多样性25果蝇细胞系基因组研究,21:301 - 314。Pubmed
  44. t . g . n .沙h . Tang Doak y你们(2011),比较细菌社区推断从16 s rRNA基因测序和猎枪宏基因组。Pac协会Biocomput 2011:165 - 176。全文从公安局网上进行
  45. s, r·j·阿诺德·h . Tang和p . Radivojac(2010)肽碎片光谱预测的准确性和限制。肛交。化学,Pubmed
  46. 你们m .ρ,h . Tang和y (2010) FragGeneScan:预测基因在短和容易出错的读取。诊断。酸Res, 38 (20): e191。Pubmed,NAR在线免费全文
  47. c中,h . Tang和s·张(2010),RNAMotifScan:自动识别的RNA结构图案使用二级结构对齐。诊断。酸Res。38 (18): e176。Pubmed,NAR在线免费全文
  48. y . f . Li r·j·阿诺德·h . Tang和p . Radivojac(2010),蛋白质肽检测能力的重要性识别、量化,并在MS / MS蛋白质组学实验设计。j .蛋白质组研究。9 (12):6288 - 6297。Pubmed
  49. 公元前波尔,y . f . Li j·p·赖利d·e·克莱梅尔·r·d·DiMarchi p . Radivojac h . Tang和r·j·阿诺德(2010)组合库的合成肽作为猎枪蛋白质组学的一个模型。肛交。化学82 (15):6559 - 6568。Pubmed
  50. m .ρ,s . Schaack x高,s . Kim m (merrill Lynch)和h .唐(2010),基因组的LTR retroelements水蚤pulex, BMC基因组学、11:425。Pubmed
  51. y, y Mechref, Klouckova, a . Mayampurath m . v . Novotny和h唐(2010),映射特有的蛋白质N-Glycosylations通过液相色谱/质谱分析和有针对性的串联质谱,质谱的快速通信,24 (7):965 - 72。Pubmed
  52. d . Hajkova y Imanishi诉Palamalai, k . c . s . Rao c .元,问:盛,h .唐曾r, r·m·丹诺d T Organisciak和m .宫城县(2010),蛋白质组变化的光感受器外节在强烈的曝光,j .蛋白质组Res。9 (2): 1173 - 1181。Pubmed
  53. m .ρ和h .唐(2009),MGEScan-nonLTR:计算识别和分类在真核基因组Non-LTR反转位子活动。37岁的核酸Res (21): e143。NAR在线免费全文
  54. f . y . r . Wang, x, x h . Tang和周(2009),学习你的身份和疾病研究论文:全基因组研究协会信息泄密事件。16 ACM会议进行计算机和通信安全(CCS ' 09)。CCS在线
  55. 李x r . Wang Wang z h . Tang m . Reiter和z董(2009),保护隐私基因组计算通过项目专业化。16 ACM会议进行计算机和通信安全(CCS ' 09)。CCS在线
  56. r . j . y . f . Li阿诺德,y, p . Radivojac唐问:盛和h(2009),贝叶斯方法蛋白质猎枪蛋白质组学的推理问题。j . Comp。杂志。,16(8): 1183-1193.Pubmed
  57. 你们y和h唐(2009),一个ORFome组装宏基因组序列分析方法。j . Bioinf。广告样稿,杂志。,7(3):455-71.Pubmed
  58. m .ρ,m .周x高,s . Kim h .唐·m·林奇(2009),独立的哺乳动物基因组收缩后,KT边界。医学杂志。另一个星球,1:2-12。对免费全文GBE在线
  59. b·曼m .ㄧ盛,h . Tang y Mechref, m . v . Novotny (2008), ProteinQuant套件:一束label-free定量蛋白质组学自动化的软件工具,快速通讯。质量规范,22:3823 - 3834。Pubmed
  60. 盛,y Mechref, y, m . v . Novotny h .唐(2008),计算方法描述债券链接使用MALDI-TOF-TOF多糖同分异构体的质谱快速通讯22:3561 - 3569质量规范。Pubmed
  61. c .沈问:盛,j .戴y, r .曾h .唐(2008),在肽识别假阳性估计使用诱饵搜索策略,蛋白质组学,9 (1):194 - 204。Pubmed
  62. c .元,问:盛,h . Tang y, r .曾庆红,r . j . Solaro(2008),定量的比较Sarcomeric phosphoproteomes新生儿和成年老鼠的心脏。杂志。心中国保监会。杂志。,295 (2):H647-56。Pubmed
  63. 你们y, h·唐(2008),一个ORFome组装宏基因组序列分析方法。学报》第七届国际会议上计算系统生物学(CSB ' 08), 3-13。CSB在线
  64. r . j . y . f . Li阿诺德,y, p . Radivojac盛,h·唐(2008),贝叶斯方法蛋白质猎枪蛋白质组学的推理问题。学报》第12届国际会议上计算分子生物学(RECOMB08) LNBI 4955年,167 - 180。LNBI在线
  65. 萨哈,c .沈,s·h·哈里森·h·唐、p . Radivojac r·j·阿诺德x张j.y.陈(2008),HIP2:人类从健康人血浆蛋白的在线数据库。BMC医学基因组学,1:12。Pubmed
  66. 崔j . h . s . Kim h . Tang安德鲁j . d·g·吉尔伯特,j·k·Colbourne(2008),机器学习方法结合证据验证基因组装配,生物信息学,24 (6):744 - 50。Pubmed
  67. p·阿尔维斯,r·j·阿诺德·d·e·克莱梅尔y, j·p·赖利,盛,h . Tang z, r .曾和p . Radivojac(2008),快速和准确识别猎枪semi-tryptic肽的蛋白质组学、生物信息学、24:102 - 109。Pubmed
  68. 江z, h .唐·m·文图拉·m·f·Cardone t . Marques-Bonet x她,p . a . Pevzner e大肠为(2007),祖先重建节段复制揭示了人类基因组进化的核心。Nat麝猫。39:1361 - 1368。Pubmed,评论自然遗传学
  69. h·唐(2007)基因组组装、重排和重复,化学牧师,107 (8):3391 - 3406。Pubmed
  70. j . h, s·h·Bae Tang, j·谢和美国金(2007),dPattern:转录因子结合位点(TFBS)发现在人类基因组中使用一个歧视模式分析。23:2619 - 2621。Pubmed
  71. 崔m .ρ,j . h . s . Kim m (merrill Lynch)和h .唐(2007),新创LTR反转位子活动在真核基因组的识别。BMC基因组学,8:90。Pubmed
  72. a . Sundquist m . Ronaghi h . Tang p . a . Pevzner和美国Batzoglou(2007),全基因组测序和组装与高通量、短内容的技术。2:e484 PLoS ONE。Pubmed
  73. i Klouckova, y, y Mechref m . v . Novotny和h唐(2007),计算方法的识别位点专一的蛋白质糖基化通过离子阱质谱分析,第三RECOMB卫星会议上蛋白质组学,课堂讲稿在生物信息学,4532:96 - 107,信号网络
  74. p·阿尔维斯,r·j·阿诺德·m·诉Novotny p . Radivojac j·p·赖利和h唐(2007),发展蛋白质推断使用肽从猎枪蛋白质组学检测能力。太平洋生物运算研讨会上,12:409 - 420。全文从公安局网上进行
  75. r . Patwardhan h . Tang金和m . Dalkilic(2006),一个近似de Bruijn多个局部比对和主题图方法在蛋白质序列,发现第一个国际研讨会在数据挖掘和生物信息学,课堂讲稿在生物信息学,4316:158 - 169。
  76. d .智,拉斐尔,a .价格h . Tang和p . Pevzner(2006),识别重复域在大型基因组、基因组生物学,7 (1):R7,Pubmed
  77. d .智r . Keich p . Pevzner希和h .唐(2006),检查base-calling重复错误。IEEE / ACM事务计算生物学和生物信息学,4 (1):54 - 64,2007,Pubmed
  78. h . Tang r·j·阿诺德·p·阿尔维斯,z, d·e·克莱梅尔m . v . Novotny j·p·赖利和p . Radivojac(2006),计算方法对label-free蛋白量化使用预测肽检测能力。生物信息学,22 (14):e481 - 488, ISMB 2006。Pubmed
  79. 诉Bafna h . Tang和Shaojie张(2006),共识折叠不结盟的RNA序列的再现。j . Comp。杂志。13 (2):283 - 295,Pubmed
  80. r·j·阿诺德n . Jayasankar d . Aggarwal h . Tang和p . Radivojac(2006),机器学习的方法来预测肽碎片光谱。太平洋生物运算研讨会上,11:219 - 230,全文从公安局网上进行
  81. h . Tang y Mechref和m . Novotny(2005),自动解释MS / MS谱的低聚糖。生物信息学,21增刊1:i431-i439 ISMB 2005,Pubmed
  82. 诉Bafna h . Tang和Shaojie张(2005),共识折叠不结盟的RNA序列的再现。学报》第九届国际会议上计算分子生物学(RECOMB ' 05), 172 - 187年,2005年5月,波士顿,美国,ACM。
  83. b·拉斐尔·d·智,h . Tang和p . A . Pevzner多个对齐的一种新颖的方法和重复序列元素。基因组研究》2004年,14:2336 - 2346。Pubmed
  84. 诉Bafna n . Bandeira h . Tang和p . a . Pevzner猎枪蛋白质测序由串联组装质量。分析化学,2004年,76:7221-33。Pubmed
  85. p . a . Pevzner唐h . g . p .第二,新创分类和重复片段组装。基因组研究》2004年9月;14 (9):1786 - 96。Pubmed
  86. M . Chaisson M p . a . Pevzner和h . Tang片段组装较短的读取。生物信息学。2004年9月1;20 (13):2067 - 74。Pubmed
  87. p . a . Pevzner唐h . g . p .第二,新创分类和重复片段组装。学报》第八届国际会议上计算分子生物学(RECOMB 04), 2004年4月,圣地亚哥,美国,ACM出版社。2004年9月;14 (9):1786 - 96。
  88. 希,M . Alekseyev M s h·苏h . Tang和p . a . Pevzner拼接图和装配问题。生物信息学。2002;18增刊1:S181-8 (ISMB 2002问题)。Pubmed
  89. p . a . Pevzner和h . Tang片段组装与双重数据。生物信息学。2001年6月17日增刊1:S225-33(特殊ISMB 2001问题)。Pubmed
  90. p . A . Pevzner h . Tang和m . s .沃特曼(2001)DNA测序片段组装的新方法。《第五届国际会议上计算分子生物学(RECOMB 01), 2001年4月,加拿大蒙特利尔,ACM出版社。
  91. 问:你,h . Tang和d·丁MedBlast:搜索文章相关的生物序列。生物信息学。2004年,20:75 - 77。Pubmed
  92. p . a . Pevzner h . Tang和m . s .沃特曼(2001),一个欧拉路径方法DNA片段组装。Proc。国家的。学会科学。美国98:9748 - 9753。Pubmed自然新闻
  93. Kruglyak和h .唐(2001)一个新的估计意义相关的时间序列数据,j . Comp。杂志。2001年,8:463 - 470。Pubmed
  94. Kruglyak和h .唐(2000)临近酵母基因的调控。遗传学、趋势16:109 - 111。Pubmed
Baidu
map